2006年
11月3日 台湾“高检署”宣布机要费案侦结。陈水扁妻子吴淑珍等确定被提起公诉。检察官认定陈水扁涉嫌贪污和伪造文书罪嫌，需等陈水扁遭罢免或卸职后再侦办。
2008年
5月20日 陈水扁卸任，特侦组立即分案侦办机要费案，并将陈水扁列为被告。陈水扁成为台湾司法史上第一位卸任领导人被检方列为侦字案被告的案例。
8月15日 陈水扁以对民进党造成严重伤害为由，主动宣布自己与妻子吴淑珍两人退出民进党。
8月16日 特侦组搜索陈水扁台北市住处、办公室等地，并访谈吴淑珍。检察官当天将陈水扁、吴淑珍、吴淑珍胞兄吴景茂、陈致中、黄睿靓列为被告。
9月11日 台北检方侦办南港展览馆新建工程弊案，查出得标的力拓公司涉嫌行贿公务员。
10月21日 针对南港展览馆弊案，特侦组将吴淑珍、余政宪、郭铨庆三人列为行、收贿罪的被告。
10月28日 台检方侦办陈水扁家族海外洗钱案，查出竹科龙潭科学园区土地买卖涉及利益输送。
11月11日 特侦组第五度传唤陈水扁到案，历经近六小时讯问后，检察官以陈水扁涉犯重罪，向法院声请羁押陈水扁。
11月12日 台北法院裁定陈水扁羁押禁见。陈水扁被收押进台北看守所。
11月16日 陈水扁持续禁食五天，被看守所戒护至医院强制送医。
12月12日 针对陈水扁及其家庭所涉机要费案、洗钱案、南港展览馆工程案以及龙潭购地案，台检方侦办终结，对陈水扁、吴淑珍等14名被告提起公诉。起诉书未对陈水扁家人具体求刑，但请求法院对陈水扁“依最严厉之刑量刑”；并认为吴淑珍恶行重大，要求“从重量刑”。
12月30日 台北地方法院经过长达12个多小时的庭讯、评议后，合议庭审判长裁定将陈水扁羁押，但不禁见。
2009年
1月19日 陈水扁家族四大弊案召开准备程序庭。
2月10日 连续17次请假的吴淑珍出庭应讯，承认“机要费”的案子有使用他人的发票进行报帐核销，对伪造文书部分认罪，但不承认贪污部分。
5月5日 特侦组侦办陈水扁涉贪渎等案第二波案情侦查终结。检方依公务员对职务上的行为收受贿赂及图利等罪，将陈水扁及妻子吴淑珍追加起诉。
5月11日 台北地方法院针对陈水扁延押与否展开评议，宣布将陈水扁继续羁押两个月。
6月3日 特侦组侦办陈水扁涉贪渎等案，发现陈水扁女儿陈幸妤、女婿赵建铭、儿子陈致中在屡次侦讯过程中供词不一，涉嫌伪证罪。特侦组已分案侦办，并将3人列为被告。
6月4日 针对特侦组5月5日追加起诉陈水扁和吴淑珍收贿、图利以及违反“政治献金法”三项罪嫌，台北地方法院传唤吴淑珍召开准备程序庭，吴淑珍当庭部分认罪。
6月22日 陈水扁女儿陈幸妤、女婿赵建铭、儿子陈致中均坦承曾作伪证。
陈水扁涉嫌在任内11次出访期间，侵占机密“外交”款项共计30余万美元，已被列为贪污被告。案件已被移送特侦组侦办。
6月30日 台北地检署侦办陈水扁女儿陈幸妤伪证案，签分吴淑珍为教唆伪证罪被告。
7月13日 台北地方法院宣布，陈水扁被控贪污、洗钱等案，羁押要件未消失，合议庭裁定将其继续延押两个月。
7月17日 台北地检署依伪证罪起诉陈水扁夫人吴淑珍、儿子陈致中、女儿陈幸妤、女婿赵建铭，并依教唆伪证罪起诉吴淑珍。由于吴淑珍等4人在侦查中自白，检方请求法院减轻其刑。
7月27日 台北地方法院审理陈水扁家族弊案，从当日起到7月30日展开密集开庭，并进行言词辩论程序。
8月4日 台北地方法院传唤陈水扁儿子陈致中等6人确认认罪协商。检方指出，由于6名被告犯罪情节重大，且有后案待查，6人认罪协商都将遭拒绝。
9月1日 台检方侦办机要费案衍生伪证案，起诉陈水扁家族4人以及前101大楼董事长陈敏熏，台北地方法院作出一审宣判：扁妻吴淑珍判刑2年，减刑为1年；扁子陈致中、女儿陈幸妤、女婿赵建铭判刑1年，减刑为6个月。
此外，法院另案告发陈致中、陈幸妤涉及贪污罪。此后，法官另告发陈水扁涉嫌教唆伪证罪，由检察官侦办。
9月11日 台北法院对陈水扁家族所涉机要费、洗钱、龙潭购地、南港展馆等弊案，进行一审宣判。
陈水扁被判处无期徒刑，罚金2亿，褫夺公权终身。扁家人全部获刑。其中，同案被告吴淑珍被判无期徒刑，数罪并科罚金逾3亿；陈致中被判2年6个月，罚金1.5亿；黄睿靓被判1年8个月，资产没收。
9月24日 陈水扁家相关案件台北地院汇整卷证后移审高院，提讯陈水扁移审。高院随后进行法官抽签，二审法官为审判长邓振球、潘翠雪、彭幸鸣。
9月24日 经过4个小时的检辩攻防，台湾高等法院合议庭作出决议，由于扁家还有巨款隐匿在海外，羁押理由仍存在，因此裁定继续延押陈水扁3个月，还押台北看守所。
9月28日 陈水扁办公室主任刘导探视陈水扁后指出，陈水扁已针对台湾高等法院续押提出抗告，其中抗告理由之一，是特侦组主动要求瑞士冻结陈水扁海外资金，并未告知院方，“涉嫌”隐匿证据。
10月9日 台湾高等法院重开陈水扁羁押庭，经过数个小时的检辩攻防后，法庭裁定：继续羁押陈水扁。
10月23日 台湾“高等法院”在台北审理扁家四大案与部分追加起诉。这是扁案进入二审后的首度正式开庭。
11月5日 陈水扁二度提出羁押抗告后，台湾“最高法院”经过法官的合议庭评议，予以驳回。
12月24日 特侦组侦办二次金改、洗钱等第三波扁案，依贪污、洗钱等罪，起诉23人。陈水扁夫妇、子女陈致中、陈幸妤一家全遭起诉。
2010年
2月3日 陈水扁家庭成员被控伪证案在台湾高等法院二审宣判，吴淑珍被判1年6个月，减刑为9个月，陈致中、陈幸妤及丈夫赵建铭判刑6个月，减刑为3个月，陈敏熏被判刑8个月。
2月22日 扁家伪证案二审宣判时，陈水扁夫人吴淑珍与子女、女婿及前台北101董座陈敏熏等被告均未获缓刑，5人于当日透过律师提上诉。台湾高等法院表示，已收到5人上诉状。
4月16日 台湾高等法院作出裁定，再延押陈水扁2个月。
4月21日 陈水扁被台湾高等法院裁定羁押后，律师团向最高法院递状提出抗告。
5月5日 陈水扁“机要费案”中，被以伪证罪起诉的“罗太太”和夫婿，遭台北地方法院各判处6个月有期徒刑。
5月6日 台湾“最高法院”驳回陈水扁的抗告，续羁押至6月23日。
5月10日 台北地方法院开庭审理陈水扁被控“二次金改”弊案，这是扁案爆发以来，扁家成员首次在法庭上大团圆，陈水扁和妻子吴淑珍坐在被告席上。
5月23日 陈水扁家族遭瑞士检方查扣的“海角7亿”，首度汇回100万美金(约3200万元台币)到特侦组指定账户，扁律师紧急向高等法院递状，声请具保停止羁押扁，希望争取扁二审宣判前获释。
5月26日 在台湾特侦组证实扁家遭瑞士冻结的2100万美元已汇回100万同时，瑞士检方表示，尽快把陈水扁家族遭冻结资产交还给台湾有关当局是双方合作的共同目标，但需要时间。
5月28日 陈水扁办公室发言人江志铭参选北市议员，发表陈水扁一封亲笔信函。陈水扁信中提到“却被关在北所(台北看守所)这个鬼地方”。
5月28日 台当局“检察总长”黄世铭证实，扁家的“海角7亿”，27日汇回第二笔100万美元(折合新台币3220万元)到特侦组指定账户。
6月2日 台特侦组指出，陈水扁家族遭瑞士冻结的2100万美元，瑞士相关银行当日再汇回52万余美元及100万美元到台检方指定账户，换算总计约为新台币4933万元。
6月8日 经过将近9个月审理，陈水扁被控贪污“元首外交零用金案”，台北地方法院判陈水扁无罪。
6月9日 台湾高检署特侦组表示，扁家再从瑞士汇回100万美金到特侦组指定账户。目前扁家总计已汇回美金452万余元，合计约1.4亿元新台币。
6月11日 台湾检方特侦组当日凌晨指出，已再收到瑞士汇回的陈水扁家68档证券，目前完成交割50档，金额约700万美元，折合新台币约2亿2千余万元。
陈水扁家族弊案二审宣判，台湾高等法院上午10时许二审宣判，陈水扁判刑20年，陈水扁妻子吴淑珍被判14年。
11月5日 金改案一审，台北地院判决陈水扁、吴淑珍及扁家子女、相关企业高层等全部被告无罪。
11月11日 台湾“最高法院”公告当日已将前台湾地区领导人陈水扁家所涉4大弊案中的龙潭购地案、前101董事长陈敏熏给款案3审判刑定谳。陈水扁、吴淑珍夫妇因龙潭购地弊案各被判刑11年，并科罚金新台币1.5亿元。陈敏熏给款部分各被判刑8年。并科罚金新台币500万元。至于合并执行刑应订几年，“最高法院”裁定由检察官再向台湾“高等法院”声请。
至于机要费案、南港展览馆案及在岛外洗钱(含陈致中、黄睿靓)部分，“最高法院”也将二审撤销，发回“高等法院”更审。
12月1日 台湾地区“最高法院”将前台湾地区领导人陈水扁夫妇龙潭购地弊案、陈敏薰人事案收贿的定谳判决书及卷证送交台湾“高检署”、陈水扁办公室接获通知，将于次日移送监狱。
12月2日 下午13时多，陈水扁被押送至桃园龟山乡的台北监狱，正式入监，编号1020号。陈水扁成为台湾地区历史上第一位被判入狱的前任领导人。
吴淑珍部分，将由台北地检署嘱托高雄地检署执行，具体时间当再议。
至于龙潭购地弊案遭判11年、陈敏薰人事案遭判8年，两案合并执行刑度，将由“高检署”向“最高法院”声请订定，在此之前，不影响陈水扁夫妇服刑时程。
12月6日 台湾高检署召集台北地检署、高雄地检署开会研议后，决定吴淑珍部分由台北地检署嘱托雄检代为执行。
12月7日 台北地检署将吴淑珍的案卷移交高雄地检署，委由雄检代为执行。
12月9日 高雄地检署先调取吴淑珍的就医资料和旅行证件措施，陆续送请台中监狱附设培德医院评估。
2011年
1月4日 高雄地检署调取吴淑珍相关病历资料送培德医院评估，表示吴淑珍发监执行作业没有时间表。
1月26日 台“法务部”批准吴淑珍可由高雄地检署跨区直接发监送台中监狱执行，并先由培德医院医师进一步医疗评估。
2月18日 吴淑珍由陈致中陪同向高雄地检署报到，由检察官进行人别讯问确认身份后，再由法警押送搭高铁前往台中监狱附设培德医院。
