第5军
邱清泉的第5军和胡琏的整11师一样，内部的矛盾不严重。邱清泉是第5军的老人，他的基本部队新22师早在第5军远征缅甸失败后就分出去了，现在的三个师200师，96师，45师中200师从历史来说算是第5军的基本部队，但邱清泉也没有去搞对那一个师偏心一些的动作。在用人上，邱清泉和胡琏一样基本上是唯才是用，不能打仗的，不管你是200师的还是另两个师的，也不管你资历多深，一概赶走，提能打仗的上来，这样被赶跑的有廖慷，黄翔等。而只要作战有办法，就得到邱的重用，象龚时英，郭吉谦，邓军林，从这一点来说，邱比胡琏还要开放一些。在指挥作战上邱清泉剽悍而又时刻保持警惕，上级指挥也不让第5军担任容易挨打的防守任务，更不会将第5军分割使用，所以第5军一直到淮海战役前都没吃什么大亏，还占了一些便宜，这样又有助他在第5军中的威望。
在对外关系上，因为邱清泉性格比较强硬，上级往往指挥不动他，除了蒋介石，对别人是不买账的，甚至是蒋介石的命令，有时候也不太听。第5军本身因为前述的邱清泉指挥上的警惕和上级使用上主要作为机动部队不派据点防守任务，所以很少挨打，作战任务经常是要去救挨打的友军，象救胡琏，救区寿年沈澄年。邱在担任这种救援任务的时候，动作慢，还总是要保留很大力量以防备解放军来打他(胡琏也是一样)，比如救胡琏他留着96师不动，救区寿年他留着整70师不动(当时邱已是整5军军长兼整5师师长)。他这种作法，别人当然觉得他自私自利，难以指望他的援救。后来黄百韬在碾庄被围，对力量小的李弥还有些指望，对力量大的邱清泉反而就不抱希望了。邱清泉恃宠而骄，象豫东战役后他受到蒋介石的处分，他很不高兴，回浙江转了一圈，结果蒋介石还是很快又把他叫回部队，还升了官当第二兵团司令官。这样一来，蒋介石想叫白崇禧来徐州指挥徐蚌会战，白崇禧就觉象第二兵团这样一个最主要的力量由于邱清泉的骄横而难以指挥，还是算了吧。而如果白崇禧当时同意指挥徐蚌会战，结果将会不一样。虽然黄百韬可能还是会被吃掉，但从武汉剿总来参战的部队，就会大得多，快得多。中野可以围住黄维的4个军，如果不是4个军而是6个军，7个军，甚至8个军，就难以围住。白崇禧不同意去徐州原因当然不只是担心指挥不动邱清泉这一个，但确是一个重要因素。总的来看，第5军的对外矛盾是比较严重的，邱清泉的作法保证了第5军在相当时间里不吃亏，但友军就不可避免地多吃了一些亏。
新一军
新一军这个嫡系里的异类，抗战中在印缅创造了光荣战绩，但在东北的解放战争中却很不顺利。
这个部队的内部矛盾主要是一个派系矛盾。新一军内部有孙立人的税警总团和陈诚的土木系这两个来源。新38师和新30师掌握在税警总团老人李鸿和唐守治手里，50师掌握在土木系的潘裕昆手里。但孙立人任军长期间，孙立人指挥新38师和新30师当然很顺手，而指挥50师凭其印缅作战时建立起的威望也没什么问题。林彪一下江南中吃掉50师150团两个营后50师情绪一度有些波动，但随后二下江南孙立人很快给德惠的50师解围后就不再有问题了，觉得孙立人并没有因为50师不是亲生儿子就不关心，指挥也有办法。
孙立人被从新一军调走后，潘裕昆任军长，另两个师情绪出现了很大问题，一开始问题还不大，主要只是觉得以后在这个军里的前途发展会受到影响，但问题很快变得严重了。当时在三下江南结束后，新一军一度受到沉重打击的信心士气已经很快恢复。新一军在一下江南中被林彪围点打援吃掉了近两个团，二下江南中第一仗在城子街被吃掉一个团，但第二仗在德惠就打了一个翻身仗，守点部队没被吃掉，援兵也没被吃掉，三下江南也没有吃亏。一下江南结束后，新一军针对东野的围点打援作了作战检讨，研究了对策。
一，向东北剿总提出不再以营团为单位防守据点，因为以当时东野的攻坚力量营团单位明显已经是白送了。改以连排单位防守原来要用营团防守的据点，只警戒不死守，小部队目标小，又没有重装备，撤起来很容易。这个建议被剿总否决后新一军退而求其次，采用了在开战后以军情紧急需要临机处置为说法放弃所有营团据点，收缩兵力保持师的据点防守。这个办法当然不如平常就不搞营团防守理想，因为解放军的急行军能力是惊人的，等发觉情况再想撤可能已经晚了，但总是比死呆着等解放军来吃好一些。
二，在援兵的指挥上，强调利用夜间行动和利用小路行动，宁愿少带一些重装备和弹药，以出敌意料为第一考量。同时加强搜索。这些对策在二下江南中已经有了效果，虽然城子街的89团因为解放军行军速度实在太快而未来得及跑掉，但接下来立刻在德惠给东野一个挫折。但在三下江南结束后孙立人被调开以后，潘裕昆由于资历浅，连那个在开战后放弃营团据点的办法也不能自己作主使用了，结果在三下江南后的东野夏季攻势中，连续被歼灭两个团(新30师90团，新38师112团)，这样新38师和新30师部队当然对潘裕昆有了很大的意见(主要意见还是针对杜聿明的，将在对外矛盾中细述)，觉得他没魄力，没担当，跟着他这样下去迟早要被解放军消灭。好在夏季攻势结束后东北剿总就易人了，陈诚上台增加军番号，新38师从新一军分了出去和保安部队组成的暫61师，暂56师成立新七军，而留在新一军的新30师，由于陈诚改变了东北剿总以前对新一军分割成团单位防守据点的使用方法，情绪也得到了稳定。
和内部矛盾相比，新一军的外部矛盾要远远尖锐得多，造成对新一军作战表现的影响也远远大得多。
首先，是杜聿明和孙立人的关系问题。众所周知，在中国远征军首次入缅因战事不利撤退时，孙立人反对杜聿明进入野人山的命令，带领新38师在完成断后任务后，没有跟着已进入野人山的第5军，而是西退印度。杜聿明带领第5军的军部和新22师在野人山中辗转三月遭受大量非战斗人员装备损失后，结果还是一样退到了印度。新38师在先退到印度后也挂念着还在野人山中的第5军，孙立人到印后要求盟军空军立刻在野人山搜索以便提供空中补给，找到第5军后，新38师向野人山开设补给站，接应了第5军部队。
杜聿明到达印度后，回重庆报告作战经过，向蒋介石告了孙立人一状，说孙立人不遵命令擅自入印度，隐指孙立人对国家的忠诚有问题(联想孙立人在美国受教育)要求追究孙立人的责任。重庆方面召回孙立人，听了孙立人的报告，当时戴笠告诉孙立人，据军统派在新38师明暗大小几十个人观察孙立人和英美盟军交往的言行，一致认为孙立人对国家忠忱毋庸质疑。实际上当时重庆方面甚至觉得孙立人在兰迦整训部队和美国人冲突得太厉害，何应钦在兰迦视察时当面命令孙立人要以中美大局为重，避免和美军冲突，宋美龄也当面埋怨孙立人和美军关系搞得太僵。
不管怎样，杜聿明告这一状，在杜孙两人之间，在新38师其他全部官兵和杜聿明之间，毫无疑问从此就有了一个疙瘩。两人下一次见面就是在东北了，孙立人从中国驻联合国军事代表团受召来到四平前线指挥新一军对四平的总攻，于3天后占领了四平。
杜聿明发表战报，说新六军攻占四平。新六军当时在四平以东向北推进，有包抄民主联军侧背的威胁，所以虽然新六军并未投入对四平的攻击(有一个广泛被采用的新六军于18日攻占塔子山的说法，但错误，攻击塔子山的是新一军50师和52军195师，而195师当时还没有归新六军指挥，要在国军发起追击时才归新六军指挥)，但确实对动摇民主联军防守四平起了重要作用。不过在战报中把所有功劳都归于新六军，完全不提实际攻破民主联军四平防线的新一军，不是一个恰当的做法。
孙立人和新一军官兵在看到这个战报后，对杜聿明产生了强烈的反感，也不可避免地想起了缅甸的旧事。但事情才是个开始，杜聿明马上发布了对民主联军的追击命令，在这个命令中，长春是划进了新六军的作战地境，同时发布了一个一百万东北流通券的悬赏，奖励先进入长春的部队。这一手，彻底引爆了孙立人和新一军已经被那个战报引起的对杜聿明的反抗情绪，直接导致孙立人一度拒绝执行杜聿明的追击命令这样的激烈行动。后虽然还是进行追击，但新38师和50师的部分部队不理杜聿明的命令，进入新六军的作战地境，于5月23日进入了长春(新六军先头部队也在同一天进入长春)。
双方关系彻底破坏后，矛盾可以说越来越深，冲突愈演愈烈。在杜聿明这方面，如前所述，杜聿明把新一军拆成营团搞据点防守，一下江南后仍拒绝新一军的意见改变部署，新一军采取战斗开始后立刻收缩兵力的办法，但不久孙立人就被调走，新一军再次陷入兵力分散死守挨打的局面，立刻在夏季攻势中连丧两团，特别是如果说在三下江南时新一军部队仍能进行顽强战斗，在夏季攻势这两仗新一军已经表现出明显的斗志低落，丧失信心。
