台湾经济发展曾经取得了快速发展与可喜的成绩。然而如今台湾经济发展除面临国际经济大环境变化与结构性调整外，还面临许多新的挑战与问题。

投资环境恶化，民间投资下降，外商投资减少。近年来，特别是民进党上台执政后，由于施政能力不足，财经、环保、社会福利政策不明，加上岛内政争加剧及两岸关系未能改善，造成投资环境恶化，企业倒闭增加，民间与外商投资双双减少。2000年，台湾关厂歇业家数达4995家，2001年增加到5187家。两年间，台湾共有7.4万家公司企业结束营业。2001年到2002年，岛内民间投资连续两年呈现下降趋势；外商对台投资则分别大幅下降33%与36%。

金融坏账问题日益严重。台湾金融机构与企业之间不当财务关系严重。许多民营金融机构后面都是由大财团或大家族所控制，与其所属企业经常进行不当勾结，转移资产，非法借贷，扩张信用，甚至以各种方式进行房地产、股市等投机活动，造成金融机构的呆坏账问题一直无法得到有效解决。一旦遇到风吹草动，就会引发挤兑事件或金融风暴。90年代中期以来，台湾先后发生“国际金融票券案”，“彰化银行挤兑案”及几十家基层金融机构挤兑事件等。1998年底到1999年初，台湾还发生了所谓的“本土性金融危机”，即在股市持续大跌下，银行紧缩信用，企业资金吃紧，发生企业财务危机，特别是20多家大企业发生连锁性的企业财务危机，当局不得不采取紧急措施进行干预。但金融机构与企业的不良债务关系依然存在，银行坏账问题仍然严重。

台湾整个金融机构超额超贷比率从1999年前的不超过4%上升为2000年的5.3%与2001年底的8.2%，超贷金额超过1万亿元新台币。基层金融机构逾期贷款比率更高，问题更严重。按国际标准，台湾实际逾期贷款额与逾贷比率远高于官方公布数。据台湾中华信用评等公司按国际标准计算，岛内银行的“问题资产比率”高达9%至11%。美国穆迪信用评级公司发布的报告认为，台湾金融机构呆账比率超过15%。一些学者更估计金融机构的各类超额或逾期贷款可能达3万亿元新台币，是官方公布的3倍。尽管台湾当局采许多取措施，如取消金融机构营业税、延缓传统产业还款期限、推动金融机构合并等措施等，2002年金融机构的坏账比率有所下降，但金融机构的体质与营运情况未有大的改善，金融坏账问题仍是台湾经济面临的严峻挑战。

财政形势恶化。在税收优惠减免、税收减少及福利支出不断增加下，台湾的财政赤字迅速增加，2000年度(因财政年度变更,时程为1999年6月到2000年底)财政赤字（不包括地方政府赤字）为1805亿元，2001年度为2676亿元新台币，2003年度为2700亿元。同时地方财政形势也严重恶化。财政问题成为台湾经济发展的另一棘手问题。

通货紧缩，失业率迅速上升。受整体经济不景气与需求不足影响，近年来，台湾出现明显的通货紧缩趋势。2001年，台湾的消费物价指数出现0.01%的负增长，2002年继续呈现负增长，全年物价下跌0.26%，是台湾50多年来上首次出现。台湾通货紧缩压力增大，除了国际原油与原料价格持续走低等外部环境外，经济不景气，失业率上升，需求不足，利率持续下调，货币供给降低以及入世后市场价格战等均是重要原因。

台湾原本并不甚严重的失业问题，因经济景气走缓而变得更为突出与严重。自2000年７月份始，因经济景气趋缓与倒闭企业增加，台湾失业率迅速升高，全年平均达到3%。2001年，失业率超过4%，2002年超过5%，失业人数超过50万人，波及的人口超过110万人，失业问题成为台湾当局面临的另一大挑战。