１９９５年４月，原国家教委、国务院台办联合下发了《关于进一步做好招收台湾学生工作的通知》，对台生的收费做出了明确的要求，原则上参照招收大陆自费生的收费标准，成绩优秀的学生可免交学费，并可享受学校的奖学金。
同年，原国家教委开始在２０所高校为台港澳人士设立“研究生奖学金”。
１９９６年５月，原国家教委联合八部委下发了《关于为在祖国大陆（内地）学习的台港澳学生提供方便条件等有关问题的通知》，明确了要本着“保证质量、一视同仁、适当照顾”的原则招收台湾青年来祖国大陆高等院校学习。同时，统一制定各高等学校对台生收取学费和杂费的标准，本科生按每人一学年１０００－１５００美元收取，具体标准由各校根据专业教育需要在此限内经上级主管部门审批后决定。严禁以盈利为目的乱收费、高收费，要求对违犯规定者严肃查处。
目前，台湾青年来祖国大陆高等院校和科研院所攻读博士或硕士研究生的收费标准，参照本校招收祖国大陆同类专业委托培养研究生的学费标准收取。
２００３年１１月，国家教育部、国务院台办印发了《教育部、国务院台湾事务办公室关于做好在祖国大陆高校学习的台湾学生教育和管理工作的通知》，要求学校应按照国家有关规定向台湾学生收取学费，并要求公开、透明，不得擅自提高学费标准和滥收费。台湾学生在读期间，可以与大陆学生同等申请所在学校设立的各种奖学金。
２００４年《教育部关于做好２００５年从香港、澳门、台湾人士中招收研究生工作的通知》中要求，设立研究生院的高校，要安排一定国家计划名额用于招收港澳台生，其他招生单位参照这一要求，做好适当安排。
