2004年10月，陈水扁抛出第二次金融改革方案，宣称要在2005年底实现公营金融机构的公股减半、2006年底实现金融控股公司减半、促成三家金融机构市场占有率在10%以上、金融机构由外资经营或到海外上市等四大目标。然而，要在短短的两年时间左右完成所谓的“二次金改”，是一个极为艰巨的任务，而且改革的时程、目标与做法等引起各界的质疑。

　　金融改革是一项专业性甚强、涉及面广、利益关系复杂的经济改革，本来应由“行政院”所属的财经专业部门主导推动。然而，金融改革在台湾却全部走调，陈水扁抛开“行政院”，亲自主导了这一改革，专业部门成了配角，使得金融改革一开始就赋予了太多的政治意义与政治考虑。

　　陈水扁通过公营金融机构的民营化，将财富转向支持陈水扁的“绿色财团”，培养亲扁（或亲民进党）的金融资本集团，成为绿色势力的依靠经济力量。许多学者对金融改革本身并不反对，但却质疑陈水扁不尊重专业的粗糙做法，他们对在今年底完成公营机构公股减半与明年底合并为七家金融控股公司做法持强烈的反对态度。