国民党的党务组织架构主要分中央、县市(包括直辖市)、区级党部三级。国民党以“全国代表大会”为最高权力机构，闭会期间中央委员会行使职权，中央委员会闭会期间由中央常务委员会执行职权。2000年3月下台，国民党为“浴火重生、从零开始”，于2000年6月后开启了党务改造工作，改造后的组织架构主要为：
 

　　(一)“全国代表大会”　为该党的最高权力机关，每两年召开一次会议，代表任期为4年。主要职权为：修改党章，决定政纲、政策，检讨中央委员工作，讨论党务与政治议题，同意任命党主席提名的副主席，通过党主席提名的中央评议委员，通过党提名的“总统、副总统”候选人。 

　　(二)主席　国民党设主席1名，自2001年后改由党代表选举产生为全体党员直接选举产生，任期4年，连选可连任一次。2001年3月，国民党首次举行党主席由党员直选活动，现任党主席连战以高达97.09%的得票率当选。主席综理全党党务，为“全国代表大会”、中央委员会及中央常务委员会的主席，在主要决策上拥有最后的决定权。另外，国民党可提名数名副主席，经“全国代表大会”同意任命。原来国民党共有6名副主席，2005年的“十七全”只保留了4个副主席。

　　(三)中央委员会　中央委员会置委员210人，候补委员105人，由“全国代表大会”选举产生，任期4年。中央委员会主要执行“全国代表大会”的决议，并对外代表该党，讨论及处理党务与政治事项，选举中央常务委员等等。中央委员会设有秘书长1人，副秘书长1-3人，主要党主席提名、中央委员会通过任命。秘书长直接掌管中央委员会属下的各个机关，在国民党的决策机构中具有相当的影响力。
 

　　中央委员会下面设置政策、组织发展、文化传播、行政管理4个委员会及“国家发展研究院”、投资事业管理委员会、考核纪委委员会三个直属运作单位。 

　　中央委员会闭会期间由中央常务委员会执行职务，是国民党的最高决策机关，举凡党政的重大决策和决议，均在此会议中决定。中央常务委员会置常务委员31人，下台后改由党主席指定为中央委员会委员互相票选产生，并随着“立法院”党团在党内决策地位的提高，“立委”在中常委中所占的比例越来越高，占半数左右。 

　　(四)中央评议委员会　它是国民党的咨询机构，其成员由党主席聘任，提请“全国代表大会”通过或追认。中央评议委员以会议方式行使职权，置主席团主席若干人，主持会议。 

　　(五)地方党部　国民党由于历史悠久，加之长期执政，在各地都设立了绵密的地方党部与基层组织。