陈水扁当局推动举办以“台湾”名义申请加入联合国的公投，是以公投方式谋求改变大陆和台湾同属一个中国的现状、走向“台湾法理独立”的重要步骤，也是一种变相的“统独公投”。学者对此纷纷予以谴责。

　　美国两岸问题专家、华府智库史汀生中心东亚研究室主任容安澜说：“入联公投”会负面影响美台关系，而段时间以来，美国政府官员对民进党推动“入联公投”的系列声明，则反映了美国最高层的政策。容安澜说，尽管台湾有一些人会不满美国政府的作法，认为美国在干涉台湾内政，但如果台湾内政影响到美国国家安全，美国政府有义务保护它自己公民以及台湾民众的福祉，所以必须清楚告诉台湾民众，这件事情会负面影响美台关系。　《详细》

　　美国智库“战略暨国际研究中心”资深研究员葛莱仪表示，陈水扁说过在他任内不会推动“统独公投”或“变更国号”，“但是迹象越来越明显的显示，这次拟议中的‘公投’违背了他公开和私下的承诺。”  美国反对“入联公投”是基于本身的利益。　《详细》

　　立场亲台的美国两岸事务专家、前美国驻联合国副代表费浩伟说，民进党办“入联公投”的目的就是为了选票，但“入联公投”是完全无法达成“入联”的“危险操作”。他看不到以台湾为名的“入联公投”申请案被接受、甚至被转至联合国大会讨论的任何机会。　《详细》

　　台湾淡江大学美国研究教授陈一新表示，美国副助理国务卿柯庆生罕见地邀集台湾驻华盛顿记者，明确表示民进党当局推动“以台湾名义加入联合国”的“公投”，违反陈水扁第一次就职演说当中承诺的“四不一没有”。陈一新指出，美国明确表达了这项“公投”违背陈水扁“四不”承诺当中的“不更改国号”和“不推动统独公投”。并表态，“入联公投”没有必要，而且会引起两岸紧张，危害台湾人民和美国的利益。 　《详细》

　　台湾“中研院”研究员、偏绿人士吴乃德说，政治人物推“公投”，不是要让台湾民众享政策决定权，而是为自身政治利益，“此情况在2008年恐怕会继续上演，选民仍被迫对无关痛痒题目表态！” 他认为，“公投”体制未必让台湾民众掌握了公共政策决定权，台湾“公投法”的制度设计，门槛设限过高，让民众发动“公投”成案相当困难，“只有政党有能力搞公投！”2004年“公投”经验，不论是议题设定还是发动“公投”的合法性，引起的争论都相当大。　《详细》

　　台湾《联合报》刊发社论指出，“入联公投”其实是“陈水扁欲绑架选后政局的公投”。文章说，“入联公投绑大选”的“违宪”乱法，罄竹难书。它重伤了台美“信任”与台美“友谊”，它盗用公帑及发动公务员来推动，它宰制“中选会”来操纵选举，它强制“一阶段”以刺探秘密投票及挟持选民，它借题挑激仇恨以撕裂社会……。以上这些罪状，任一皆可成为台湾民众反对“入联公投”的充足理由；如今又知，“入联公投”其实是“陈水扁欲绑架挟持台湾选后政局的公投”，真是罪恶盈贯，无可饶恕。　《详细》

　　
　　台湾《中华日报》刊发社论揭发陈水扁的荒谬与图谋指出，“以台湾名义加入联合国”已成陈水扁下台之前的“谢幕秀”，即使他曾声言明年选后“甚么事也不会发生，一切将回到原点”，但“不做无意义之事，何以遣有涯之生”，陈水扁将“台湾入联”这等无意义之事挥洒操弄到极致，甘冒世界各国鄙视为“麻烦制造者”之大不韪，实乃当做制造对立、挑拨仇恨之成果的总验收。进一步说，陈水扁从过去历史错置的灰烬中，借由大肆去蒋批蒋扩大族群的对立和仇恨，终极目的就在于“入联公投”过关。　《详细》