1894年，日本发动了中日战争（甲午战争），次年3月攻占澎湖。1895年4月17日，清政府与日本签定《马关条约》，将台湾和澎湖列岛割让给日本。台湾沦为日本殖民地，开始了长达50年的日本统治时期。
1895年3月，日占澎湖。5月入台湾本岛，在台北城设“台湾总督府”。6月废除原有行政建制：改台北府为台北县；台湾府为台湾县；台南府大部及台东州为台南县；台南府澎湖厅为澎湖岛厅。但被军民抵制，除台北局部地区外，其余徒具虚名。
1895年8月，日本重新勉强设治：原台北府淡水、宜兰、新竹三县、基隆、南雅二厅合并为台北县，原台湾府台湾、苗栗、彰化、云林县和埔里社厅以及台南府嘉义县合并为台湾民政支部，将原台南府安平、凤山、恒春县及台东直隶州（含卑南县、花莲港厅）合并设立台南民政支部，改原台南府澎湖厅为澎湖岛厅。11月，将原台南府嘉义县划归台南民政支部。1896年4月，改台湾民政支部为台中县。改台南民政支部为台南县。
1897年5月，析原宜兰县地设立宜兰厅；析原台东州设立台东厅；改澎湖岛厅为澎湖厅；以原台东州地设台东厅，驻卑南（原台东州驻地）；合清末新竹县与苗栗县设立新竹县；析原嘉义县和原云林县大部设立嘉义县；析原凤山县和恒春县设立凤山县。1898年5月：析新设的新竹县分别划归台北县、台中县。裁嘉义县、凤山县，所辖区域划回台南县、台中县。1901年5月：析台南县设立恒春厅。
1901年11月，实行厅制：废台北县、台中县、台南县，保留宜兰厅、恒春厅、澎湖厅；以原淡水县地设立台北厅和深坑厅；以原基隆厅地设立基隆厅；以原新竹县地（分隶台北、台中二县）设立新竹厅；以原南雅厅地设立桃仔园厅（桃仔园厅地属清末淡水县与新竹县），寻改名桃园厅，设治桃园街；以原台湾县地设立台中厅；以原苗栗县地设立苗栗厅；以原彰化县地设立彰化厅；以原云林县地设立斗六厅；以原埔里社厅地设立南投厅，治南投；以原嘉义县地设立嘉义厅和盐水港厅（今台南县盐水）；以原安平县地设立台南厅；以原凤山县地设立凤山厅、蕃薯寮厅（今高雄县旗山）和阿猴厅（今屏东县）。
1909年10月，裁深坑、基隆二厅入台北厅，裁苗栗厅入新竹、台中二厅，裁彰化厅入台中厅，裁斗六厅入嘉义厅，裁盐水港厅入嘉义厅和台南厅，裁凤山厅入台南厅，裁蕃薯寮厅、恒春厅入阿猴厅，析台东厅设立花莲港厅，驻花莲港。
1920年9月：实行州厅制（厅和州平级）。在实行州厅制之后，各州及个别厅之下设市，其余区域为州厅辖下的郡或支厅。并台北、宜兰二厅为台北州；并新竹、桃园二厅为新竹州。原苗栗厅划归新竹厅的部分属新竹州；合并台中、南投二厅设台中州。原苗栗厅划归台中厅的部分属台中州；以台南厅西部（原安平县）和嘉义厅（含原云林县）合并设立台南州；以台南厅东部（原凤山县）、阿猴厅以及澎湖厅合并设立高雄州，治打狗港。1926年7月：析高雄州原澎湖厅地仍设立澎湖厅。
1920年9月：划台北城郊设立台北市，为台北州治；划台中城郊设立台中市，为台中州治；划台南城郊设立台南市，为台南州治。1924年12月：于打狗港附近设立高雄市，仍为高雄州治；划基隆城区设立基隆市。1930年，划嘉义城区设立嘉义市，隶台南州；划新竹城区设立新竹市，为新竹州治。1933年，划彰化城区设立彰化市，隶台中州；以阿猴街设立屏东市，隶高雄州。1940年，划宜兰城区设立宜兰市；划花莲港厅城区设立花莲港市，为花莲港厅治所。
1945年，二战结束，根据《开罗宣言》和《玻茨坎公告》，台湾和澎湖列岛重新回归祖国怀抱。
（来源：行政区划网）
编辑：秋日
