台湾当局“外交部”设有亚东太平洋司、亚西司、非洲司、欧洲司、北美司、中南美司及日本事务会等，主管各区域政治、通商、经济财政及文化、军事、“外交”、“侨民”等事项。
“条约法律司”：掌理条约、公约及协议之研订解释，有关条约、公约及协议之研究及释明，“中央各部会”对外特种协议之“法律”等事项。
“国际组织司”：掌理联合国及其专门机构及其它政府间国际组织、“国际”会议与活动之观察、研析及参与；辅导并协助民间团体参与“国际”组织、“国际”会议及“国际”交流活动等事项。
“新闻文化司”：掌理新闻联系、新闻发布、对外事务之阐释、“国际”新闻文化之协调、“国际”关系及大陆情势之分析及网络文宣等事项。
“礼宾司”：掌理接待“外宾”、“国际典礼”、“国际”间勋章收授、接受各驻台“使领馆”与代表机构人员之程序及其在台待遇等事项。
“非政府组织国际事务委员会”：掌理辅导并协助岛内民间团体参与非政府间国际组织、“国际”会议及交流活动等项。
“经贸事务司”：掌理推动“国际”经济技术合作事务研析及协调等事项。
秘书处：掌理文稿之审阅、撰拟、该“部”各单位间共同业务之联系协调及部务会议相关事宜；秘书处设翻译组，负责“府”、“院”交办及该“部”英文、西班牙文、日文及法文之笔译，逐步及同步口译。
“领事事务局”：主要业务包括护照、签证、文件证明等，其业务不仅关系民众权益，且与台湾安全、入出台湾、“外侨”管理、外劳、役政及户政等业务均有密切关系。
研究设计委员会：研究相关之中、长程“外交”政策及施政计划，并对当前及未来可能发生之重大“外交”问题筹谋应对方案，作为该“部”施政之参考。
“外交领事人员讲习所”：负责“外交领事”人员之职前教育及“外交部”员工的在职讲习训练，并推广“外交”教育。
另外尚有总务司、电务处、人事处、政风处、会计处、档案信息处、“国会”联络组、“法规”委员会、亚东关系协会、北美事务协调委员会等各自掌理与本身业务相关之事务。
