“监察院”上述四种主要职权的行使方式各不相同，各有一套立案监察的程序。“同意权”的行使属于“监察院会议”，先由“监察院”将“总统”依法提名的人选，交由全院委员审查会就所附送的履历证件进行审查，经审查后再提交“监察院会议”投票。如果同意，还须由出席委员过半数议决才能有效。
纠举，是对“中央”及地方公务人员违法失职时，不移送给惩戒委员会直接送给被纠举人的主管机关管理，如涉及刑事，直接送给法院办理。 纠举案须经其他监察委员3人审查决定。纠举与纠正不同，纠正案只对“事”而言，而纠举案是对“人”。纠正案指公务人员并无违法失职行为，而是由于事务措施欠当欠妥，其效果没有惩戒的效力。纠正对象限于“行政院”及其所属各部会。
“弹劾权”的行使方式是：当公务人员有违法或失职行为时，监察委员会根据取得的事实和证据，提议弹劾，并送交监察委员会九人以上审查，审查由监察委员轮流担任。如果必须弹劾，由“监察院”移送公务员惩戒委员会，依法惩戒。弹劾又因被弹劾人身份不同，分为两种，一种是对“总统”、“副总统”的弹劾，须经全体“监察委员”过半数之提议，全体“监察委员”三分之一以上之决议，向“国民大会”提出。另一种是对“中央”和地方公务人员的弹劾，须有“监察委员”两人以上提议，九人以上审查及决定，就可提出弹劾案。
审计分为综合审计与普通审计。综合审计是对“全国”财政预算的审查，由“监察院”直接行使；普通审计又分为四种：监督预算的执行、核定收支命令、审核计算决算、稽查财政上的不法或不忠于职务的行为，权力由“监察院”审计部行使。
