“司法院”设秘书长1人， 承“院长”之命，处理本院事务，并指挥、监督所属职员。设秘书处及四厅二室，分别负责不同性质的司法、行政事务。
院直属机关辖有“最高法院”、“行政法院”和“公务员惩戒委员会”。高等法院和地方法院原属于“行政院司法行政部”，1980年改辖“司法院”。
“司法院”还设立各种专门委员会，有“人事审议委员会”，负责对各司法机关等职的人事管理事项审议；“法规研究委员会”，负责对“刑法”、民事以及其他地方性法规进行研究；“解释及判例编辑委员会”，负责对解释和判例进行系统的编辑、整理；“史实纪要编辑委员会”，负责记述并保存“司法院”的史实和变更判例会议以及“冤狱赔偿复议委员会”， 负责掌握冤狱的申诉、复议和赔偿。 “修宪”后，还设立“宪法法庭”，由“大法官”组成，职司审理政党“违宪”之解散事项， 以增强“司法院” 的独立权限。
