（一）“府院之争”
“总统府”与“行政院”之间的矛盾，在中国现代政治史上，特别是北洋政府时期，也是政府权力之争的焦点。
国民党退踞台湾后，在“戡乱时期”的“强人政治”时代， 自然是“总统”的权力要大于“行政院”。 蒋介石任“总统”时，他可以一统天下。蒋介石去世后，“副总统”严家淦继承“总统”位，而“行政院长”是蒋经国。在这个年代，“总统”无权，“行政院长” 独揽大权。 人们评论说：“严先生继承大统，大权则归蒋先生一人。”直至1978 年5月， 蒋经国任“总统”，孙运璇任“行政院长”，又出现了“府”统“院”的局面。 蒋经国1988年1月去世后，李登辉从“副总统”跃居“总统”职位。在台湾这样一个有着40多年专制统治的地区， 历来“总统” 的权力是至高无上的，“一介书生”出生的李登辉“总统”，面对的前后三任“行政院长”是俞国华、李焕和郝柏村，前两位是“政界重臣”，后一位是“军界大老”。台湾的政治体制中曾出现过一阵“强势内阁”的局面，传统的“总统”权力受到侵蚀，李登辉又不甘心扮演“弱势总统”的角色，因此，他上台后不断地排除异己，先后把俞国华、李焕调离“行政院长”职位，但后来继承“行政院长”的郝柏村，与李登辉“总统”之间的矛盾， 不论是在政策理念上， 还是在“省籍情绪”上，都很难达到“一致的步伐”。
“府”、“院”之间在争夺对大陆政策的控制权上表现得尤为激烈。
1990年7月， 国民党中央大陆工作指导小组通过了决定成立负责大陆工作的专门机构——“行政院大陆委员会”。其职责范围是： 关于大陆政策之研究， 关于大陆资讯之收集、分析及出版，关于两岸人民往来及港澳相关事务之规划处理及协调事项。此外，还决定设立以财团法人形式出现的民间中介机构—— “海峡交流基金会”， 以民间形式处理“大陆委员会”委托的两岸事宜。但“行政院大陆委员会”成立不久，同年10月7日， 李登辉就积极筹组成立了一个直属“总统府”的“国家统一委员会”，以控制大陆政策的指导权。针对“国统会”的来势汹汹，“行政院”决定了三种反击方案：（1）从根本上阻止“总统府”下的“国统会”具有任何实质的“法定机构”性质，即不具备任何大陆政策的决策地位。 为此，“行政院秘书长” 王昭明甚至郝柏村“院长”本人，在公开场合，多次强调“只有行政字才是大陆政策的决策与执行机构”。在“行政院”强烈坚持下，李登辉虽然有意提升“国统会”的决策权，最后只好让步，宣布“国统会”只是一个临时任务编组的咨询机构。 （2）在“国统会”副主委人选上的斗争。“国统会”主委由李登辉担任，副主委人选上，郝柏村和“副总统”各占一个。但第三位副主委由谁来担任，李郝之间发生了矛盾。李登辉愿意想卢“总统府”秘书长蒋彦士出任，而郝柏村则极力反对。郝的理由是，“国统会”虽只是一个咨询机构，但毕竟地位崇高。副主委必须由有相当地位和名望者担任，作为幕僚身份的蒋彦士，怎能与“副总统”、“行政院长”并列齐尊。郝柏村想从“立法院长”梁肃戎和“司法院长”林洋港二者择一。 （3）由“行政院”直接表达对大陆政策决策主控权的意向。由郝柏村在“施政纲领”中提出两岸关系为“一国两地区”的构想，以对抗李提出的“促进两岸关系发展”的“三条件论”。
李登辉对郝柏的反击并未沉默。在“国统会”副主委人选上，郝柏村提出的录像肃戎和林洋港皆名落孙山。李登辉最后挑选了无党籍人士，“总统府资政”高玉树出任。这无疑是对郝柏村的打击，使他在“国统会”主委副主委上与李登辉平分天下的目的未能实现。此外，该会还设委员30名，李聘请12名岛内外“专家”、“学者”为研究委员。这样他便借“国统会” 将大批人马拉到自己的手下， 无形中削弱了郝的权力。最后李登辉借解释聘请12名研究委员的理由之机，隐晦而又明确地道了国统会的职权。他说：聘请12名研究委员，是为了“协助委员会构思国家统一大政方针”。那么“大陆委员会”的地位又该怎样呢？马英九在“国统会”的报告中提出了会后大陆政策的6个重点,其中一条就是“设置大陆工作专职机构——行政院大陆委员会”。这样“国统会”负责“构思国家统一的大政方针”，而“行政院大陆委员会”则是执行大陆政策的“专职机构”，二者的关系亦即李登辉与郝柏村的关系已经敲定。“府院”之间争夺大陆政策的决策权直到1990年底才由国民党中央大陆工作指导小组“定位”。12月11日，“指导小组”决定：“国统会”为构思两岸统一大政方针的咨询机构，而“陆委会”为大陆政策的制定、执行与协调机关。地位虽定，但“府院”矛盾并未解决。
争夺大陆政策的控制权， 只是 “府院”之争的一个方面， 在对民进党态度， 对“台独”、对“争取国际生存空间”等问题上，“府院”之间也大多意见不一。“府院”之间的矛盾与斗争，最终以改组郝“内阁”为契机，完成了以“府统院”的体制定位。
（二）“行政院”改组
按“宪法”，“行政院长”由“总统”提名，经“立法院”资格审查同意后由“总统”任命。由于郝柏村当“行政院长”时是由第一届“立委”同意产生的，所以，当1992年底台湾“立法院”进行第二届“立委”选举后，一些反郝势力就依此为由，要求“郝内阁”总辞。在国民党“主流派”和民进党“立委”的推波助澜下，要求“郝阁揆”辞职的声浪从1992年底起日益高涨。
与此同时，保郝一方以“非主流派”为主体，联络元老势力，拉开了“阁揆保卫战”的阵势。先是国民党的“元老重臣”谢东闵、孙运璇、梁肃戎等出面保郝，呼吁李郝“和衷共济，共勉危机，避免国民党分裂”。梁肃戎还向李登辉提交一份“国是建言”， 要求李郝应继续合作， 以安定政局。 接着，“中华民国民主基金会”等170多个团体上街游行，联名在媒体刊登“血谏”广告，发表“护国声明”。但所有这一切，不但未能改变李登辉“换人”的决心，反而向“非主流派” 的抗争发出了“此时分裂党， 将是历史的罪人”的“最后通牒”。接着李登辉对郝柏村搞“软化政治”以承诺由郝出任拟设的 “国民党中央政策指导小组” 召集人，作为郝辞职的条件。当郝公开拒绝出任此职后，李再以党的副主席相许。在“主流派”阵前助威，宣称要组织万人示威副郝辞职。郝在内外压力下， 不得不于1993年1月30日发表声明，决定辞职。郝辞职前，向李登辉建议由“司法院长”林洋港出任“行政院长”，邱创焕出任中央秘书长。但是， 李登辉在郝辞职后， 却提名“台湾省主席”连战出任“行政院长”台湾当局以“行政院”改组为重点的“五院革新”， 对高层人士进行大幅度调动， 国民党中央秘书长、“国安会”秘书长、“立法院”、“监察院”、“考试院”的 “正副院长”和“司法院”的“副院长”， “台湾省主席”等均为新人。经过次调整，台湾当局高层结构发生了根本性的变化，中生代全面接班，大陆籍人士进一步退出权力核心。
此次，“行政院”改组的主要特征是：
第一，人事变动幅度极大。新“内阁”从“正副院长”到“8部2会”首长，除人留任外，其余均为新人，更换率极大。起用人马大多为李登辉班底，原“郝内阁”的“非主流派”成员遭到大面积撤换，几乎全军覆灭。此表明，“主流派”已全面掌握行政大权。 “府院”之争更向以“府” 领“院”方向发展。
第二，国民党政权“本土化”基本实现。经此调整后，“五院”中惟“监察院长”为大陆籍人士陈履安担任，其余“4院”“院长”均为台籍人士出任。 连战为40年来第一位台籍出身的“行政院长”。这样使国民党主席、国民党中央秘书长及“行政院长”三要职均为台籍人士，使“内阁”中以往以大陆籍为主，台籍为辅的权力分配彻底改变，开创了台籍本土势力全面势掌台湾政权的新时代。
第三，“财经内阁”特点显著，阁员年轻化、学历高。本届“内阁”主要由国民党中生代组成，平均年龄56岁，年龄最轻的43岁，连战本人57岁，且新任“阁员”都具有相当完整的学历,全部受过高等教育，其中博士17名，硕士4名，学士6名，有6人曾任过大学校长。其中11人都有主管过“行政院”、“省政府”、财政、金融的经验，不少人在台湾经济界是名声显赫、十分有建树的经济专家。
第四，“内阁”亲美色彩较浓。新“内阁”主要成员都曾留学美国，不少人获得美国大学硕士、博士，并与美国政界关系密切，推崇美国政治。
1996年第九任“总统”选举后， 按照李登辉的意图，“行政院”又一次改组。
1996年6月8日，国民党召开临时中常会，通过了国民党副主席、“副总统”兼“行政院长”连战提出的“行政院政务首长”人事调整名单。 李登辉也在同日发布命令， 任命新“内阁”成员。 在39个“部会首长”（有2人兼任）名单中，有12人留任， 27人是任职； 由副“首长”晋升的有10 人，党务系统转任的有5人， 学界2人，4人平调；从省籍来看，“外省籍”19人，“本省籍”20人； 有博士学位者22 人。
被台湾各界议论多时、千呼万唤始出来的“内阁”名单一公布，岛内立即哗然，反弹强烈。
在野党一致明确反对新“内阁”的布局。这主要是由于李登辉在 “总统” 选举前后多次作出“要延揽在野人士入阁”的承诺如今食言而肥，他们对被李当做“政治娼妓”感到愤怒。民进党“立院党团”干事长颜锦福斥责“内阁”改组是“换汤不换药”,“拼出四个不像的怪兽圈”,“立委”叶菊兰称李登辉作出的系旧瓶新装都算不上的“内阁”。新党“立委”周阳山称连“内阁”是“现实重于理想，恋栈重于开创”。民、新两党严正表示，将采取激烈抗争措施对付连战“内阁”。正如亲李登辉的《自由时报》社论称，“这支跨世纪领导团队，还未整装待发，就已陷入行政与立法部门角力的泥淖”。
国民党籍“立委”也对黑箱操作深表不满。“内阁”人事一公布， 党籍“立委”一片反对之声。 “立法院”党团书记曹尔忠称 “所有立法部门推荐的人选全都不在改组名单内， 整个中常会不过几分钟， 内阁人事竟然就这样决定了”。“立委”陈宏昌、许舒博等 人， 对“立委”不为重视和被愚弄愤愤地表示，“身为‘立委’却对‘内阁’人事没有咨商权”。他俩还放出狠，将支持在野党提出的重新先例阁揆同驻的提案，“今后会让国民党立院党团的运作一路输到底”。“立委”王竞表示，李登辉和连战“这样做，对这天下的‘立委’该 要如何交代?这样政局如何安定呢?”高雄区“立委”郭金生等人更为激烈，扬言要退出国民党以示抗议。
社会各界普遍低调评价。各界人多认为，“在知悉全部阵容后，看到其中酬庸、封赏的痕迹，在脱内斗、卡位的色彩， 不免失望”； “新人未能让有人惊艳之叹，而旧人当中， 抓贿选、办贪污， 干得有声有色的‘法务部长’马英九，‘财政部长’林振国，‘交通部长’刘兆玄及陈其南竟然未留任，这种不听人民的心声，不尊重人民的意志，执意逆势操作的人事调整，当然引起反弹”，上榜的主要是“一些有争议的人”。《自由时报》也称此次调整，“与人所期待的开创新局犹有一段距离”。为此，《联合报》、《中国时报》等主要媒体和学术界，都提醒国民党，“不要再执着于党利党略的盘算，要知道威权领导，违反民主政治，时空已不再”。
这一李登辉亲自主导， 并要各界“著毋庸议” 的“内阁”，在野党一片反对之声，各界不少微词，国民党内也难于一致，李登辉对此不无意料，他之所以一意孤行，江水在《台湾周刊》分析，此有其特定的意图。
第一，李登辉要别人对“内阁”安排“著毋庸议”，不乏“有安排后李登辉时代的意图”。从此次“行政院”人事布局看，连战、宋楚瑜起了一定的作用， 因而也有今后4年间李登辉完成党内权力“交接”的内涵，连、宋二人在党内的分量正在加重。 如李登辉虽曾明确表示， “行政院副院长”要用具有“工程、土地背景的人”，但还是同意他明言要弃换的“财经背景的”徐立德连任；马英九被赶出“法务部” 能留在“内阁”， 辞职坚决的刘兆玄改任“国科会主委”，显然和连战的坚持有关。在党内中生代中实力和发展趋势上仅次于连战的宋楚瑜也展现了影响力，“内政部长”和“农委会主委”即为宋推荐的人选。尽管宋楚瑜推荐“财政部长”的目的没有达到，但也可以看出他在决策核心中地位的提高。暨高大学经济研究所所长许振明认为，“连战已经‘动起来’，态度转趋积极、强硬”，看来，连战已在中生代卡位战中占据优势。
第二，稳住国民党的票源，巩固国民党的执政地位，是选择新“内阁”人选的基本考量之一。为赢得以后的选举做准备也是此次内阁人事调整的重要着力点。 为维护反 “黑金” 的形象， 马英九还是留任 “政务委员”； 曾在“总统”、第三届“立委”、“国代” 选举中尽力抵制 “林郝配、陈王配”冲击的杨亭云和争取劳工票颇有成效的谢深山依然留任； 曾为李登辉助选、 增加妇工会主委林澄枝干脆“入阁”，以施展其拉票功夫；为扩大国民党在可塑性极强的青年中的影响，具体做青年工作的青辅会主委吴挽澜也应运“入阁”。此外，还特意新设“原住民委员会”，以获得原住民的支持。对于“立法院”内“实质不过半”的政治生态，避免国民党流失实力，在野党势力上升，李登辉为稳住“立委”、 又不影响权力分配， 应诺在“内阁”的“次长级”人选时考虑任用一些不分区“立委”，以平息“立委”的愤怒。
第三， 发展亚太营运中心、振兴经济是新“内阁”的施政重点之一。就岛内经济而言，面临着提升台湾竞争力、发展亚太营运中心等挑战，新“内阁”人事主要考虑，一是要有利于亚太营运中心的建设。许振明称，此次人事是环绕亚太营运中心所做的决定，“经济部长”王志刚有良好的服务经验，对工业有擅长的薛琦任“政务次长”表明重视亚太营运中心的建立，江丙坤熟悉攸关亚太运营中心成败的两岸经贸关系，“央行”副总裁邱正雄入主“财政部”则对未来“财政部”和“央行”的协调将会相当有益。二是要有利于岛内经济发展。前不久，李登辉评论以往发展经济的措施是“只见文字不见行动”，大有要为台湾经济的发展提供“锦襄妙计”之意。所以，此次“内阁”调整加重了“经济的成分”，被认为主导岛内经济业绩良好的“经建会”人马“遍布财经单位，出任副职及局长”。为推动制约岛内经济发展财政金融改革， 保持经济政策的连贯性， 促使经济发展，原任“财政部长” 林振国也留在“行政院” 担任“政务委员”，徐立德也得以“梅开二度”。
第四，推进“务实外交”、维持两岸关系是新“内阁”的基本方针。此次“新内阁”内，“陆委会”是搬风最多的部门。 张京育接任时间不长，副主任调走2人，不排除还要走人，似乎摆出一副推出新人组成新班子来缓和、推进两岸关系的架势。“外交部长”也换上蒋家传人章孝严。但章孝严称，“务实外交”和两岸关系，“好比钓鱼时的鱼钩及鱼线，两者相辅相成一样重要”。今后要以“更积极、务实、灵活、稳健的做法，以新的观念、新的作为对新的局面”，尽早结束“中国人在国际舞台打击中国人的悲剧”。从中可以看出，台当局并没有停止在国际间制造“两个中国”、谋取“实质独立”的打算。
新“内阁”改组甫一结束，“立法院”反扑即已开始。今后，尽管新“内阁”有充分的“行政资源”可以调用，随之而来的“两院之争”也将使“新内阁”步履维艰、前途多舛。
1997年,“行政院”再次改组,萧万长任“行政院长”，章孝严任“行政院”副院长、 中央党部秘书长， “外交部长”由胡志强接任。
1998年，作为台高层权力、派系斗争的延续，2月4日，国民党中央常会通过了“行政院”及党务人事改组案。这是台第9届“总统”选举完成以来， 在李登辉主导下，台高层进行的第三次较在幅度的高层人事调整。
本次人事改组被岛内各界视为是 “为改组而改组”，“该上的没上，该下的没下”，新面孔不多，难有新气象。尽管如此，学者玉德认为，个别重要部门的人事调整仍包含一些值得重视的讯息。
（1） 李登辉的主导作用明显，李系人马得到重用，连战势力被进一步削弱。
随着“后李登辉时代”的浮现，李登辉正抓紧利用手中的提拔、安插亲信，排斥异己，以保证其路线的贯彻。从调整的名单看，本次人事改组的原则并非根据政绩优劣用人惟才，而是只凭李登辉的好恶决定。如“内政部长”黄主文、“海基会秘书长”许惠祐、“教育部长”林清江及陆工会主任张荣恭均是岛内政坛众所周知的李登辉的干将；李的女婿赖国洲也从幕后登上台前，为“后李时期”的仕途发展作准备。李的心腹、“政务委员”黄大洲虽然屡遭非议、且已转任台 “中华奥委会”主席， 但是这次改组丝毫没有影响其“政务委员”的职位。
与之相反，被台北政坛指为具连战势力“指标作用”的“政务委员” 赵守博却与这次调整无缘， 而在被撤换的人中，也多半是连战任“行政院长”时被重用者，包括“新闻局长”李大维、“青辅会主委”黄德福等均为连系人马。他们对这次改组相当不满，一些人甚至拒绝了新职务的安排。此外，李登辉不信任的海基会秘书长焦仁和及因主张“开放大陆学历采认”而得罪李的“教育部长”吴京均曹撤换。
由此可见，本次人事异动是李登辉主导下的又一次权力分赃，岛内舆论及民进党均持此种持看法。《联合报》分析指出，本次“内阁”改组可以看出许多李登辉主导的痕迹，连战的角色隐晦，值得玩味。民进党“立法院党团干事长”苏焕智称，这次改组等于是李登辉“意志的贯彻”，凸显李才是最后的决定者，连战的势力“已经逐渐削弱”，萧万长的势力“逐渐抬头”。
（1） 海基会的人事变动预示着台高层将调整该会的功能，加紧谈判的布局，从而为未来的两岸谈判投下变数。
围绕海基会秘书长的人选，“总统府”和“行政院”暗中较劲， 最后由李登辉亲自点许惠祐出任。 据岛内传媒披露，台高层在检讨过去两岸谈判成效时，对于主谈代表的急功心切、不按牌理出牌、超出“陆委会”授权范围的做法深感头痛，并将之归咎于“政治明星”担任主谈代表所具有的“历史使命感”。因此，自1997年下半年起，台当局就已考虑重组海基会的谈判队伍，计划在重开谈判前撤换焦仁和。但因焦仁和无意离开，且促台复谈的压力不大，所以耽搁下来。
1997年底我数度点名邀请焦仁和率团来访，台高层便一再拒绝， 甚至认为 “大陆既然要焦唐会晤我们偏偏不要焦唐”，所以先行撤换焦仁和。“陆委会”对焦仁和的不信任和疑虑也与日俱增，如台“行政院”一个有关大陆政策会议的部分内容外泄，焦仁和竟是“陆委会”追查泄密者的第一个怀疑对象，海基会一高层人士曾感慨地透露，该会自成立起，决策高层就不信任这个组织，称：“被派去与‘敌人’交流，是一种腹背受敌的处境，成事的风险比不成还大。”事实上，焦仁和阵前被撤换不只是其个人的“忠诚”受到怀疑，更重要的是台高层对两岸谈判乃至海基会的功能有了产的考虑。迫于岛内外各方日益升高的促谈呼吁，台当局自知已无法一味地拒绝下去， 因此， 一方面以所谓先“回到原点”，进行事务性谈判成果、无限期拖下去的政治谈判“策套”功能已失去作用，其主谈代表也应由肯丰富谈判经验的“技术官僚”取代“政治明星”，以便份演好“安全阀”和“牛皮糖”的角色。
这次改组上会的海基会秘书长许惠祐， 曾任该会的处长、副秘书长及“陆委会副主委”，是惟一全程参与两岸十六次会谈的代表，因态度死硬，屡屡造成谈判破裂而被岛内媒体称为“破裂代表”，深得李登辉的赏识，被外界视为贯彻李登辉意志的不二人选。台高层关于两岸谈判“不达成成果”的考虑或许惠祐这样的“破裂代表”的出场，将使两岸未来的谈判之路更加崎岖坎坷。
然而，这内“内阁”改组虽带有明显的李登辉印记，但李要以此来达到他加固“后李”时期亲信的地位，也未必心想事成。
1999年1月21日，萧万长率同 “副院长”、 “政务委员”、“八部二会”首长向李登辉提出总裁，以表示对新一届“立法院”的尊重。李登辉于22日对萧万长所提出的总辞案批示： “照准，特任萧万长为行政院院长”。 台“行政院”改组人事案于26日敲定后送“总统府”核定后并报27日国民党中常会通过。此波改组名单依次如下：“参谋总长”唐飞接任“国防部长”；叶金凤接任“法务部长”；“总统府”副秘书长苏起接任“陆委会主委”；“三军大学校长”李祯林接任“退辅会主委”；“政务委员”蔡兆阳兼任“公共工程委员会主委”； 秘书长由 “行政院”顾问谢深山出任；前台湾省副省长吴容明出任“政务委员”。至于原本规划为“政务委员”职务在前“高雄市长”吴敦义，因“政务委员”职缺有限，确定在这一波人事异动中无法“入阁”，但可望转往党部发展，接替叶金凤遗留的副秘书长职务。
