“副院长”由“院长”提请“总统”任命，其职为辅助“院长”处理院务；在“院长”辞职或出缺期间由其代理。“行政院”设秘书处，包括秘书长一人，副秘书长一人，秘书16至20人组成。正副秘书长承院长之命，处理该院事务并指挥、监督所属职员。与秘书处相同的幕僚机构有参事室、会计室、统计室、人事室。
“行政院” 的职能部门有8部、2会、1行、1处、2局和2署。
8部：“内政部”、 “外交部”、 “国防部”、 “财政部”、 “教育部”、 “法务部”、 “经济部”、 “交通部”；2会：“蒙藏委员会”、 “侨务委员会”； 1行：“中央银行”；1处：“立计处”；2局：“新闻局”、“人事局”；2署：“卫生署”和“环境保护署”。
“行政院”还设直属委员会。根据“行政院组织法”第14条规定，“行政院”为处理特别事务，得在院内设各种委员会。据此，成立的有：1954年11月的“国军退除役官兵辅导委员会”；1955年成立的“原子能委员会”；1966年11月设立的“青年辅导委员会”； 1969年3月，由“行政改革研究委员会”改组设立的“研究发展考核委员会”；1977年12 月，由原“行政院经济设计委员会”与“行政院财政小组”合并组成的 “经济建设委员会”； 1979年3月设立的 “北美事务协调委员会”； 1981年11月设立的 “文化建设委员会”； 1984年9月，由“行政院农业发展委员会”与“经济部农业局”合并成立的“农业委员会”；1987年设立的“劳工委员会”；还有“中央选举委员会”、“国立故宫博物馆委员会”、“国家科学委员会”等。
此外， 还有“诉愿审议委员会”、 “法规委员会”、“政党审议委员会”、“行政院发展基金管理委员会”以及1990年10月，由“大陆工作会报”和“港澳小组”合并而成立的“大陆委员会”。“陆委会”由委员会议、业务单位、幕僚会议等三类机构组成；委员会议由正、副主任委员及台湾有关“部会”主管、专家学者组成；业务单位设企划、文教、经济、法政、港澳、联络、秘书等7处及人事、 会计两室，分理有关业务；幕僚会议分“协调会议”和“顾问（咨询）会议”两种。前者由相关“部会”主管、司（处）长组成，负责各部门间有关大陆政策事项的沟通和协调，后者由学者、专家组成，以备咨询。同年11月21日成立了名为民间实具官方性质的中介机构—— “海峡交流基金会”， 它在“大陆委员会”主导下工作。“海峡交流基金会”于1990年11月21日成立，1991年3月9日举行开幕式，正式挂牌运行。该会分设由43人组成的董事会和由6人组成的监事会； “总统府资政”孙运璇为名誉董事长；国民党中常委、台湾工商协进会会长辜振甫任董事长；国民党中常委、台湾工业总会理事长许胜发和台湾红十字会秘书长，“国防部”法律顾问陈长文为副董事长兼秘书长， 该会内设秘书处， 文化服务处、 经贸服务处、 旅行服务处及综合服务处等6个业务单位，主要功能是接受“陆委会”委托，办理两岸交流所衍生的各项事务。 “行政院”还设“政务委员”若干， 由“院长”提请“总统”任命， 它由该院各“部会” 首长及主管“部会”的“政务委员”组成。“政务委员”得出席“行政院会议”， 发表意见， 参加表决及审议议案。“行政院会议”由“院长”、“副院长”、各“部会”首长及主管“部会”的“政务委员”组成。该院会以上述人员过半数之出席为法定人数。院会由“院长”任主席，讨论院内有关事务。
