台湾当局设立“五院”，分别行使“五权”。五权都属于“治权”,互相独立,同处于平等地位。行政为五权之一。台湾的“中央政府”设立“行政院”。“宪法”规定，“行政院”为“国家最高行政机关”。
根据“宪法”规定，“行政院”享有： （1）决策权。有权制订施政方针与重要政策，并具体予以推行； （2）副署权。即“总统”公布之法令，及有关成员的任免令，须经过“行政院” 有关首长副署； （3）提案权。 有向“立法院”提出“法律、预算、戒严、大赦、宣战、媾和、签约”等权； （4）复议权。即对“立法院”提出的法律案，预算案及要求“行政院”改变重要政策的决议，在征得“总统”的认可后可移请 “立法院”复议； （5）紧急处分权。 即“总统”要求采取紧急处分，需先经“行政院”会议决议。（6）解散议会权。 1997年“修宪”后，“行政院”对“立法院”负责，但在“立法院”对“行政院长”提出不信任案10天不辞职时，可呈请“总统”解散“立法院”。在“行政院”上述六种职权中，决策权和副署权为专有，提案权绝绝大部分享有，复议权和紧急处分权、“立法院”解散权，与“总统”分享。可见，“宪法”赋予“行政院”有较大的决策权和对总统的相对制约权。
但是，与“宪法”差不多同时实施之时，“动员戡乱时期临时条款”的颁行，使“总统”的权力急剧膨胀，这主要体现在两方面：一是“总统”紧急处分权的扩张；二是“总统”行政控制权的增加。因此，在“戡乱时期”体制下，在蒋氏父子统治时期的台湾当局“总统”与“行政院”的关系是“总统府”统“行政院”，即“府”统“院”。但是随着1980年下半年“戒严令”的废止，“临时条款”的终止，以及“国安会”的作用的削弱，“行政院”的职权也有恢复，特别是郝柏村任职以来，利用他军事强人的地位，使“行政院”的地位提高不少。总之，随着“动员戡乱时期临时条款”的终止，“总统”与“行政院长”之关系是以“府统院”还是“院前府后”，不仅是政权派系之间的斗争，而且也关系着党的权力之争。“主流派”和“非主流派”之间的矛盾从侧面反映了“府院”之间的斗争。
