台湾知库
2000年11月，陈水扁委托证券交易所林钟雄筹设。2001年12月30日成立，基金规模为6000万元新台币。由台湾证券交易所董事长林钟雄与“国安咨询委员”林佳龙等筹组。资金捐赠者主要包括华侨银行董事长林明成、大安银行董事长高志尚、金宝电子公司董事长许胜雄、富邦产险公司董事长蔡明忠、日盛证券董事长陈国和、土地银行董事长魏启林、国泰金控董事长蔡宏图、三商行董事长陈河东、大陆工程公司总经理殷琪、台湾工业银行总经理络锦明、奇美实业董事长许文龙等。其中以许文龙捐助为主。目前董事长为陈博志。
这是陈水扁的重要智库。以政策取向、推动策略及强化沟通对话为三大工作目标。职能主要是就亚太事务与“国家”安全、WTO的因应对策、大陆（两岸关系的双轨机制）、“国家”改革（政府改造、“国会”改造与“宪政”改革）、农业、科技、财经与社会发展等8大议题向政府提出建言。未来进一步增设文化、“国土”规划、经济与“国防”等论坛。
财金论坛：由台湾经济研究院院长吴荣义任集人，为智库成立最早的论坛，曾扮演“经发会”期间的后勤角色，曾就针对筹设境外资本市场的可行性、放宽两岸金融业务往来的利弊与配套措施、问题金融的处置方案等提出对策。
科技论坛：召集人是新竹科学园区管理局局长李界木，2001年3月成立，讨论了台湾科技产业的利基与发展环境、与“行政院”科技顾问组合作，积极规划引进印度高科技人才及台印企业技术交流计划；研拟“我国科技产业全球布局的国际竞争战略”。
农业论坛：召集人是台湾大学教授吴明敏。针对台湾加入WTO后对农业的冲击提出具体因应对策，接受“农委会”委托的“台湾农业问题和对策座谈”专题计划，2002年初发表“农业政策建言”。
政府改革论坛：召集人为“劳委会“顾问刘进兴。针对就业问题与退休生活两大主题进行研究，具体包括失业保险、退休金条例改革、劳动体制的转型与改革问题。
大陆论坛：召集人为中华经济研究院研究员范锦明（暂由张佩珍代理），已举行十多次论坛，与大陆台商进行交流，并对大陆政治与经济问题进行研究。
亚太论坛：召集人为“国安会咨询委员”高英茂。以美、日、台关系的强及及中国周边战略环境的分析为主轴，不定期与美、日、俄等国智库举办圆桌会谈。研拟有关台、日、美的战略合作以及对台美关系的检讨。
WTO论坛：召集人淡江大学教授郭建中。建议政府成立一个高层次统筹WTO事务的专责机构和机制，并结合民间力量，成立一个法律咨询中心，协调政府与企业因应种种贸易纠纷，与两岸入会后的可能诉诸争端的仲裁机制。
台湾产业科技协进会
2002年1月11日正式成立。在理事监事选举中，中华开发银行董事长刘泰英被选为理事长，“立法委员”柯建铭、交通大学校长张俊彦、工业研究院光电所副所长黄德瑞、“总统府科技咨询委员会”执行长黄昭渊（北美台湾教授协会成员）、工业区厂商联合会理事长黄宗源则获选为副理事长。“总统府资政”姚嘉文担任监事会主席。主要是针对以国民党为主导的玉山科技协会，争取科技企业与人才的支持。成员包括300多人。该协进会宗旨为“利用高科技人力促成传统产业升级，吸引高科技产业在台深耕，建立绿色矽岛”。协会强调“台湾优先，全球布局”。主要功能是提供政策科技产业政策建议、协助中小企业升级与实现根留台湾，落实绿色矽岛。强调不走大陆投资路线，认为大陆不是台湾产业升级与转型的唯一道路，而主张走国际路线，并选定纳米、生物医学、数字视讯、系统整合芯片等创新科技为可塑产业，因此将该协会定位为在“结合认同台湾优先的人士，共同为台湾产业科技的国际地位打拼”。计划在美东、美西、加拿大等重要华人科技圈成立多个分会。
新竹市民进党籍“立法委员”柯建铭是该协进会的主要推动者，他在科技界影响逐渐扩大。他曾是联电集团董事长。与柯建铭关系密切的新竹科技厂商还包括台湾超能源董事长徐仁福与智邦科技执行长黄安捷等人。新竹科学园区管理局局长李界木是陈水扁在科技界另一重要人物，是该协会的发起人之一。民进党新潮流系成员陈正然，任蕃薯藤公司执行长，是科技界独派色彩浓厚的人物，早年因“台独”政治言论受到检调单位搜捕。“资策会”执行长林逢庆曾是陈水扁任台北市政府时的建设局局长。
参加台湾产业科技协进会的企业也包括不少过去“泛蓝军”的支持者，如大同公司总经理林蔚山、与连战私交甚深的永丰余董事和何寿川、亲民党副主席张昭雄小舅子诚信创投公司负责人李正明。其中，团体企业会员包括中华开发银行、宏基电脑、交通银行、中环公司、铼德公司等大型科技公司与工业银行等，其余多为个人会员。台积电与联电未加入团体会员。
这个协会不仅扁派、李派、独派色彩浓厚，而且也主要是针对国民党色彩浓厚的台湾玉山科技协会而成立。
台湾管理学会
2001年5月，民进党推动成立台湾管理学会，由原“总统府秘书长”、现任“行政院长”游锡堃主导成立，并担任首任理事长，成员包括柯承恩、吴东亮、高志明、黄明河、蔡明忠与魏启林等人，均是支持民进党的人士。主要是与原由国民党时代成立并主导的“中华管理学会”对抗。当时，由游锡堃出面结合台积电董事长张忠谋、台新银行董事长吴东亮、富邦产险公司董事长蔡明忠等成立。
2002年6月进行了换届，台电董事长林白能出任理事长，吴寿山、柯承恩、黄营杉、张忠谋、张姿玲与戴胜通任常务理事；王文渊、李成余 、吴东亮、吴钦杉、高志明、梁定澎、郭进财、黄河明、蔡明忠、颜锡铭任常务理事；前“经建会”主委魏启林任常务监事；李添财、吴祥华、林婵娟与郑深池任监事。
据“台独”刊物《新台湾新新闻》报道，成员都是与政府友善的红人。其功能就是沟通政府与民间，协助政府规划重大政策。还制作“台湾管理领航家”的电视专题节目，宣传政府，在中南部举办经济产业发展研讨会，协助中南部地方经济的发展。
台湾产经建研社
2002年底，由新潮系龙头“立法委员”洪奇昌主导成立，有19位“立法委员”支持，台湾知库的创建者林钟雄也转而支持。在成立大会上，“中央银行”总裁澎淮南、“行政院副院长”林信义、“经济部长”林义夫、前“财政部长”林庸山、台积电董事长张忠谋、远东集团徐旭东、裕隆执行长严凯泰、著名律师徐小波、中华开发大股东理隆纤维陈敏薰（后任代理董事长）、台糖公司董事长吴乃仁与“国策顾问”黄国俊等前来庆贺。
知识经济社会推动委员会
由台湾经济研究院院长吴荣义主导成立。2000年底，亲民进党的吴荣义发起了“知识经济社会推动委员会”，发起人包括台积电董事长张忠谋、宏基集团董事长施振荣、义美集团副董事长高志尚，嘉新水泥董事长张安平、金宝电脑董事长许胜雄，资策会董事长黄河明等产官学界22人。主要帮助陈水扁就发展知识经济提供协助。陈水扁随后宣布2001年是台湾知识经济推动元年。
台湾智库基金会
2001年6月，与民进党关系密切的企业界人士成立。捐助者包括三商行董事长陈河东、工业银行总经理骆锦明、富邦产险蔡明忠与大陆工程总经理殷琪等。共筹资6000万元新台币。
“群策会”
2001年12月3日成立。由李登辉主导，并担任会长；诚泰银行董事长林诚一担任副会长，彭荣次担任召集人。其宗旨是群策群力，共谋“国事”，试图扮演“拟具共识，推动政策”的角色，同时担当“策划研究，实际执行”的行动智库。出席的企业界人士以李登辉的商界朋友与陈水扁的企业界朋友为主。包括诚泰银行董事长林诚一（其子与董事林启光）、东元电机董事长黄茂雄（主要策划者）、伟诠电脑董事长蔡坤灿、台湾运输机构公司董事长彭荣次、义美实业公司总经理的高志明、台湾养鸡大王黄昆虎、美吾发公司董事长李成家、荣星花园董事长辜宽敏、第一高尔夫球场董事长曾介绍人俊义、合森企业董事长戴一义、台联金主世纪钢铁董事长黄宗源与台证集团董事长吴东升、国票董事长林华德、力晶电脑董事长黄崇仁、诚品书店总经理吴清友、医师公会理事长吴运东（吴伯雄堂兄）、北社社长吴树民。
北社
2001年6月16日成立，成员有80多人。出身医界的“国策顾问”吴树民（自立晚报发行人）任首届社长，东吴大学外语学院院长谢志伟与世新历史系教授李筱峰，秘书长廖仁义，副秘书长王美秀。其成员来自北部地区医界、学界、文化界、律师界、财经界等。有影响的人物包括林义雄、辜宽敏（日本文摘社社长）、李鸿喜、高志明（英文台湾新闻报与义美集团董事长）、曹永和、王涂发、郑钦仁、戴宝村、薛化元、陈仪深、陈隆志、李兹尧、陈照姿、洪贵参、律师界有顾立雄、郑清文、向阳、林文钦（前卫出版社负责人）、杨其文（艺术学院教授）、李魁贤（诗人）、李敏勇、谢三泰、朱约信、陈明章、叶博文、苏进强（台湾新闻报社社长）、及资深媒体人吕东熹、金恒炜、杨宪宏等人。李登辉、陈水扁与彭明敏等人出席成立大会，李登辉还号召大家“崔生新台湾”，“共同为新台湾的诞生和出发做见证”，实为实现台湾建国目标。其宗旨是“促进台湾成为主权独立的现代国家”。四大目标则是“建立宪政秩序、健全机制、维护台湾安全、建立公民社会”，并在未来推动“新文化运动”。北社与李登辉、陈水扁关系密切，被称为“扁李智囊团”。
北社在成立大会上发表政策万言书，主张制订新“宪法”，确立“总统制”，反对松绑“戒急用忍”政策。特别强调台湾新文化运动，应该包括“破”与“立”的工程，“破”的工程指的是破除旧权威时代所遗留下来的、反民主的封建余毒，破除缺乏台湾主体性思考的媚外心态，与中国文化迷思等；“立”的工程则必须全力找寻和创造出新台湾文化精神意义与价值体系，以做为我们千秋立“国”的根基。
南社
2000年7月6日成立，共有55名成员，其中有38名大学教授。其他成员为社团与民间团体负责人。社长曾贵海，是内科名医；副社长郑英耀是中山大学教育研究所所长，专任执行长为郑正煜。南社的三大宗旨是：一是维护台湾价值与尊严，汇集南台湾民间上升力量；二是建立以台湾为主体的教育、文化、环保等公共政策；三是激励民众共同推动法治与社会改造运动。
中社
2000年11月成立，有成员40名，主要来自台湾中部地区的医界、学术教育界、法界与企业界。社长钟坤井，执行长由前“建国党”中部办公室主任廖宜恩担任。成立宗旨是关心台湾、认同台湾，以台湾为优先、对台湾的司法、环保、教育、社会问题等表示关心。该组织还参与反“核四”与反“罢免陈水扁”活动。
台湾数位视讯协会
2002年初，台视公司董事长、李登辉女婿赖国洲与无线电视、软体及家电行业筹组台湾数位视讯协会，外界认为此一协会为具有本土色彩的、类似“群策会”的“行动智库”。赖国洲认为数位发起人第三者筹设协会的目的是在解决数位电视发展过程中所面临的，问题以及凝聚同业的共识和促进同业的交流。预计在2002年5月成立。该协会将设多个委员会，包括现在已的有的软体委员会和硬体委员会，以后还有法规与政策委员会以及宣传委员会。参与的成员包括数位电视产业相关的内容、硬体、设备、通路相关企业，现在已加入的包括台视、巨图科技、春水党、太极、大同、声宝，东森电视也参加。
台湾笔会
成立于1987年，是一个文化“台独”组织。主要成员包括一批鼓励“台独”与“台独”文化的一批文化界人士。2002年6月，曾贵海接任第8届理事长，郑炯明出任秘书长。成员还包括前会长李魁贤、陈坤仑等人。计划每3个月出版一份汉、英、日文的通讯。
“国家政策研究基金会”
2000年6月30日成立。是国民党在2000年“政党轮替”后为留住其政务官人才、主导岛内政策而成立的一个智库机构。该基金会自称为一个“独立超然的学术研究机构”，内设“内政”、“国家安全”、教育文化、“宪政法制”、科技经济、财政金融、永续发展、社会安全等8个小组。该基金会现有董事20名，由连战任董事长，江丙坤担任副董事长兼执行长。该智库今后的研究工作，主要有三个层次的目标：近期目标是掌握岛内外政经情势，进行深入的评估与研究，以便提出2001年的革新政策，为国民党公职人员提供参考，扮演好监督、制衡政府的角色；中期目标，提出国民党县、市长及“立委”选举的基本主张，让所有民众感受到国民党对“国家”、社会、民众肩负的严肃而重大使命；远期目标则应提出“国家永续发展”、“国富民强”的前瞻、宏观规划。
