祭祀，历来是中华民族古老传统文化中的一部分。与大陆同根共祖的台湾地区原住民也是如此。其内容和形式更为丰富多彩。
农事祭
台湾原住民进行农事祭最主要的农作物对象是粟，其次是早稻与薯芋，故最主要的祭祀仪为“粟祭”，目的在于祈求与酬谢粟之丰收，同时也祈求种族的繁荣与生活的安乐。农事祭的对象各地不一，北部泰雅与赛夏族农事祭的对象为祖灵；中部布农族与曹族有司理之神；南部排湾、阿美的粟祭对象则较为复杂，排湾粟祭对象为祖灵，同时也是粟神。阿美族南部以星辰为农神，北部则为谷神与祖灵并祭：卑南族以侵害作物之恶神与谷神同祭。
农事祭仪内容很多，一般又有开垦祭、播种祭、除草祭、收获祭、开仓尝新祭、驱虫祭等，其中以播种祭与收获祭两种为主要祭仪。播种祭以粟播种祭为主，稻、黍、薯、芋等祭仪通常包含在粟播种祭之内，但也有分别举行的。泰雅、赛夏、卑南及阿美族的稻祭一并附属在粟祭中，曹族的稻祭则与粟祭分开举行。粟播种祭仪式在播种前举行，祭期的长短各族不一，大体举行5—6天，祭前男子出猎，女人酿酒制糕。以阿里山曹族为例，他们的祭仪分6天举行，第1天捕鱼，第2天选种，第3天假播种，第4天正式播种，第5天开禁休息，第6天建田舍。而阿美族的粟播种祭，分初播祭与终播祭两段举行，祭仪分户举行，初播祭由家长赴田中祭告农神与祖灵并作祈祷，终播祭为祭谷神、自然神，祈求丰年。而后举行宴饮。
收获祭规模较播种祭盛大，分摘穗祭与酬谢祭两段进行。前者是祭祀神灵，在正式收割前举行，祈求神灵保证丰收，祭仪一般分户举行，各家主祭者先斋戒一日，半夜赴田间搞数穗而归，举行谷神祭，其后才开始收割。酬谢祭是为了报谢神恩，往往包括许多复杂的目的，祭祀后还要宴饮娱乐一番。
各族在播种祭与收获祭之间也常举行锄草或中耕祭；在收获季之后又有收仓祭，但仪式都很简单。
打猎祭
狩猎的重要性仅次于农业生产，故狩猎祭不限于山地各族，海岸的阿美族也会举行。狩猪祭的对象是普通的猎神或兽灵，而且以猎兽的下额骨为目标。狩猎祭的目的是祈求及酬谢狩猎时的丰收与猎人的安全。
狩猎祭的仪式大体在收获祭之后举行，因为这时他们才有闲暇从事狩猎，并且常在祭仪前后进行集体狩猎或焚山狩猎。阿里山曹族在收获祭之后全社男子整装入山狩猎，到达山中未行猎前，各插茅草一根，招兽灵而供以糕酒，并向山神祈求多赐猎物并保佑猎人安全。台湾东部与北部各族都把狩猎祭与科灵祭合并举行，没有特为猎神举行的祭仪。
阜南人“狩猎祭”。阜南人为十七八岁青年成立晋级会所、去灾纳福的传统祭仪，又称“第二次入会所仪式”，旨在崇尚勇武。通常在每年的11月间“猴祭”10天后举行，为期5天。祭司率青年h日进山，择地搭建茅舍与祭台。当夜，老人给青年换上围腰巾，象征成年，并就地围猎，所获猎物，当场宰杀祭献神明，祈福赐以勇力与佳运。旋即青年受命单独深入山林狩猎，凡有所获，即送回茅舍储藏，以此考验并培养每个人勇于征战、刻苦耐劳的精神。入山期间，会所青年夜间轮流围绕老人所居茅舍奔跑呼号，同时解下腰间茅草结抛至屋顶，视为去邪消灾，保护老人。5天后，猎队返村，举村男女盛会，歌舞宴饮，通宵不歇。青年即入青年会所正式受训，承担部落义务。
泰雅人“猎头祭”。是泰雅人的原始祭仪。猎头祭旨在祭祖祀神、祈求丰收、赢得爱情或决断诉讼等。部落出猎，获取人头后，割下一绺头发，人头装入猎头袋里。临村鸣枪报捷，村民盛装出迎，猎首者家属各酒祭祀，轮番往人头口里馈赠美食及粟酒。祭毕，人头放在木白上，大家挽手成圈，环绕人头歌舞。翌日，人头移至部落“达达格”人头架上，头目率先祷告：“召唤你的父母兄弟和亲友来吧!”然后，往人头喂食灌酒，母亲带着男孩子接取溢流出来的“血酒”欢饮，认为可以汲取死者勇气胆力，长大成为无敌勇士。
