日军虽占领了新竹城，然城外各庄仍在义军的掌握之中。事实上，新竹日军已处在义军的包围之中。但是，桦山资纪和北白川能久都对形势缺乏正确的估计，认为义军不过是乌合之众，不难一举荡平。特别是新竹的占领使他们滋长了骄傲的情绪，“以为台湾不过手掌大小之地，以一旅之众即可一举歼灭”。注1因此，六月二十四日，由北白川向近卫混成第二旅团长山根信成发出了南进的训令。但是，桦山和北白川都没有料到，日军不仅难以进兵新竹以南，而且连新竹以北的局面也很难控制。
六月二十三日，即日军占领新竹的第二天，日军设在中坜的兵站部即遭到义军的袭击。是日下午二时许，义军三百多人从东、西、南三面包围了日军中坜兵站部，至一百五十公尺距离处进行射击。日军第三中队的机关炮兵立即应战，虽猛烈射击，义军都没有后退的迹象。兵站部派骑兵突围赴桃仔园请求增援，因被义军堵击，未能达到目的。双方相持至下午七时，义军始停止进攻。目睹这次战斗的《东京日日》报特派记者石冢氏写道：“去年日清战争期间，兵站线长达五百余里，所没兵站亦不少，却从未遭遇敌军如此猛烈之袭击。”注2为之哀叹不已。
六月二十五日，即北白川能久发布“南征”令的第二天，日军又遭到义军两次袭击：
一次发生在头亭溪。是日，日本近卫骑兵大队长涩谷在明中佐，亲率近卫骑兵小队及步兵第一联队第六中队，自台北护送粮食纵队往新竹。上午九时，涩谷率骑兵沿铁路线先行，第六中队继后。当进至头亭溪村时，忽有义军约五十人从竹林中猛烈射击。涩谷下令包围竹林，义军便进入道旁的民房，利用墙壁上的枪眼射击敌人。日军向民房发起冲锋，“但以砖石砌成的墙壁十分坚固，枪弹不能贯通”。于是，日军纵火焚烧民房后又向南行，前进大约两千公尺时，又被七八十名义军拦截射击。义军仍利用民房墙壁的枪眼打击敌人。日兵“拔出刀剑逼近墙壁，冲锋数次，不断呐喊，而土墙坚固，骑兵和步兵对之毫无办法”。此时，日军已有十人伤亡，便纵火将民房焚毁。日军自称：“土著强兵，视死如归，对他们不得不出此果断措施。”注3这支日军护粮队步步被阻，只能缓慢地向新竹移动。
另一次发生在新竹城。先是在六月二十四日，阪井支队即接到义军“集结内山，即将来袭新竹”的情报。于是，阪井重季下令在城东南占领高地，以防义军由此路来袭。果然，二十五日上午十时五十分，义军五、六百人向日军前哨逼近，“扛旗敲鼓，猛烈射击。(日军)哨兵知众寡难敌，以信号求援。”注4阪井急命第一大队长前田喜唯少佐率第四中队应战。前田命令机关炮队占领阵地，向义军发射排炮。但义军占据有利地形，日军的排炮毫不奏效。前田急调山炮前来，进行轰击。战斗持续到下午四时十分，义军始停止攻击。这是义军第一次反攻新竹。
义军的这两次袭击，虽未取得很大的战果，却使日本侵台军感到步履维艰，开始明白要想一下子占领全台并不是那么容易的。
于是，桦山资纪决定政变“南征”计划，暂缓南进。北白川能久致电鲛岛重雄称：“本来计划于七月四日自基隆港起锚，然目前风浪极为险恶，即使在打狗、安平两港亦不易登陆，何况实行敌前登陆不能不慎重考虑。今接桦山总督命令：暂缓从基隆起锚，各将校皆集合于台北待命。”注5
桦山资纪之决定改变“南征”计划，并不是不急于占领全台，而是要待完全控制台北新竹间的局势后，再全力南侵。为此，桦山一面加紧对台北新竹间抗日义军的扫荡，一面对台北人民施行残暴的统治。他以所谓“钦命台湾总督”的名义公布了《台湾人民军事犯处分令》，其第一条即规定：
台湾人民干犯下列条目者，罪当死刑：
一、抵抗大日本帝国之陆海各军及反叛行为者；
二、毁坏铁道、水陆电线、道路桥梁、军械子药、森林、垒栅、水道、火车、船舶、船厂、以及署衙军用之土地，房物或对象者；
三、为寇贼引路或隐藏奸细，并有帮助抵抗大日本国之行为或劫夺者；
四、将大日本军舰、军用船舶之军饷及军用物资之数量密报敌人者；
五、大日本国军舰、军用船舶之向导有欺诈行为者；
六、制造谣言或喧哗吵闹，扰及大日本国军队、军舰及军用船舶之安稳者；
七、投毒于井泉河流或使之污秽不堪饮用者；
八、将鸦片烟并吸烟工具交付大日本军人、军属及从军者，或让其吸烟者。”注6
但是，日人的高压政策不但未收到预期的效果，反而激起了台湾人民的更加坚决的反抗。
注1 大槻正秋：《台湾征讨史》，第80页。
注2 《日清战争实记》，第34编，第13页。
注3 《日清战争实记》第34编，第14页。
注4 《日清战争实记》绍34蛔．箔10页。
注5 《日清战争》第35编，第20页。
注6 《日清战争实记》第35编，第21页。
（戚其章，山东威海人，1925年出生，现任山东省社科院甲午战争研究中心主任）
