清政府统一台湾后，康熙23年（1684年），清朝在台湾设立台湾府，下辖台湾、凤山和诸罗三县。随着台中盆地和彰化平原的开发，雍正元年（1723年），在原来诸罗县内增设彰化县和淡水厅。雍正5年（1727年），将分巡台厦道分为二道，兴泉永道驻厦门，台湾道专门统领台湾和澎湖，并新设澎湖厅，由台湾府派出一名通判常驻。乾隆52年（1787年），诸罗县改为嘉义县。到嘉庆17年（1812年），随着噶玛兰的开发，增设噶玛兰厅。到光绪元年（1875年），在艋舺创建台北府、基隆厅、卑南厅和埔里社厅，增设恒春、淡水两县，淡水厅县改为新竹县，噶玛兰厅改为宜兰县。
清朝在台湾地区设立的行政机构，分为文武两个系统。文官系统由道员、知府、知县组成。台湾道是最高行政长官，正四品，如加兵备衔则负有地方保安责任，如加按察衔则有掌握司法和教育的责任。知府为二等行政长官，从四品，下设同知、通判、经历等官员，负责行政、司法、财政等事务。知县为三等行政长官，下设县丞、主簿、典史等官员，负责县级行政、司法和财政等务。为改善吏治，康熙60年（1721年）起又每年派遣御史来到台湾巡查。
武官系统分为总兵、副将、参将、游击、都司、守备、千总、把总。台湾镇总兵为最高军事长官，正二品，归福建水师提督指挥，与台湾道分管军、民两政。清朝政府在台湾的正常驻军台湾镇有总兵1 人，有镇标3营、安平水师副将营、澎湖水师副将营、南路参将营、北路参将营等，有武官100人、士兵共14000人左右。
清朝在台湾已经建立起完整、系统的行政机构，有效实施对台湾的管理，对台湾地区全面开发，对台湾地区的经济发展、社会稳定起过不小的作用。当然，处于全面开发状态中的台湾，在农民阶级和地方阶级之间、在百姓与官府之间、在不同族群之间、在移民和高山族之间，存在不同程度的矛盾，这些矛盾长期支配着社会的运行，成为社会动乱的根源。
清朝时期，在民间流行着“三年官，两年满”的说法，说的是许多清朝驻台官吏三年一换，他们无心问政，只知官兵勾结、官匪勾结，欺压百姓，捞取民脂民膏，把任职台湾当作搜括饱囊的过境之处，台湾成为贪官污吏的集散地。在民间还流行着“一只牛两层皮”的说法，说的是农民既要受“小租户”的剥削，又要受“大租户”和当局的剥削，田赋丁税十分繁重，因此在台湾形成“三年一小反，五年一大乱”的说法，在清朝统治台湾的212年，大大小小民变事件发生116次。其中发生于康熙60年（1721年）的朱一贵起义、乾隆51年（1786年）的林爽文起义、1794年（乾隆59年）蔡牵起义、1795年（乾隆60年）陈周全起义、1832年（道光12年）张丙起义、同治元年（1862年）的戴潮春起义，则是规模较大的起义。则是百姓和官府矛盾、农民阶级和地主阶级矛盾的集中反映，是官府强征暴殓、地主残酷剥削、吏治腐败不堪的集中体现。
西方殖民者东侵以来，美国、日本、法国和英国等列强先后在台湾进行军事挑衅，加剧了中国边疆领土危机。在这种情况下，清政府上层在如何治理台湾的态度和方式开始出现变化，由“防内变为主”改为“防御外侵为主”，清朝督办南洋海防事务的福建船政大臣、后任钦差大臣的沈葆桢、福建巡抚丁日昌等人，把台湾称为“七省藩篱”、“南北洋关键”、“中国第一门户”，一再反复强调台湾地位的重要性。他们还多次上奏折，建议在台湾设立行省，以加强吏政，有效管理孤悬海外的台澎地区，巩固海防。
在台湾设省的建议在当时的边疆危机下，有了实现的可能。1874年5月，日本出动3000人侵占中国台湾琅峤，在榨取中国的50万两白银后于当年底撤走。日本的侵略行动唤醒了清朝上层对加强台湾地区防务和建设的认识，一些有识之士提出在台湾设省。这一建议最早是丁日昌提出来的，1875年11月沈葆桢提出，在闽浙总督名下设立“福建巡抚”，“冬春驻台湾，夏秋驻福州”。1876年春新任福建巡抚丁日昌无法按期驻台湾，奏请朝廷另派重臣常驻台湾，改设“台湾巡抚”，这样实行3年的“冬春驻台”改为台湾单设巡抚。直到1884年6月，清朝才派出直隶提督刘铭传加封巡抚衔，督办台湾政务和防务。不管影视作品把他说成什么样子，刘铭传确实是一个有作有为的官员。
1883年12月，中法战争爆发。在中国南部边疆强迫签订不平等简约后，法国违约把矛头对准中国台湾。6月26日，刘铭传以巡抚衔督办台湾军务，7月16日到达基隆，与台湾道刘璈一起加强台湾防务。8月6日，取得基隆大捷，占领基隆港的法军被赶走。10月1日，法军在基隆强行登陆，8日进攻淡水，刘铭传指挥清军重创上岸的法军。
从总体上看军事上没有失败的中国，在政治上再次惨败，中国被迫与法国签订丧权辱国的最后和约。面对危机，加强台湾防务尤为必要。闽浙总督杨昌浚、钦差大臣督办福建军务左宗棠，于7月再次上书，要求在福建台湾两地“巡抚分驻”、“建省分治”。光绪11年（1885年）10月12日，垂帘听政的慈禧太后，在下旨创建海军的同时，下旨同意诏请左宗棠的奏请，福建政务由闽浙总督兼管，将福建巡抚改为台湾巡抚，正式下诏在台湾建省。到1888年正式实现闽台分治，台湾单独设省，由原来的2府8县4厅增为3府11县4厅1直隶州。首任福建台湾巡抚为刘铭传。正是这位巡抚，打开了台湾的近代经济发展之门。
历史沿着应该有的轨迹走到现在，在“巡检司”设立、充满风雨的550年之后，台湾成为清朝的第20个行省。台湾省建制的建立，对外主要是为了巩固东南海防，防御外国列强的侵略，加强军事防务；对内则开始近代工业化过程，开矿、邮政、交通、垦荒、教育事业等相继发展起来。从此，台湾社会进入了大规模开发时期。
正是历史上两岸的来往，正是在这种延绵数千年的交往中，联结起两岸人民的心灵；台湾与大陆不可分离，有着深厚的历史渊源和文化沉淀。
（责任编辑：月光）
