远征军的第一项行动目标已经实现。施琅以消灭台湾方面军事实力、占领澎湖的战果，成功实现康熙“因剿寓抚”中的“剿”，军事上的胜利，具备了实施“抚”的基础和前提，下一步是对台湾郑氏集团进行招抚。
施琅不仅是一个军事人物，也是一个政治人物，很有政治头脑，他的招抚政策合情合理。针对军事上的胜利和俘获郑方人员甚多一事，他立即颁发《优抚战俘五条》，规定：尽量打捞死亡郑军将士的尸体，殓衣深葬，以便告知其故乡的亲人。对于俘虏，凡是伤病俘虏，治伤治病；愿意回乡者，资其回乡；愿意务农者，资其回原籍种地；愿意从军者，留在军中；愿意回台湾者，赠船送回。同时公布《安抚输诚文武官员兵民示》，提出只要台湾同意回归，“官则不失爵秩之畀，民皆荻绥辑之安，兵丁入伍归农，听从其便，各安其意，乐其无事”，重申“本提督言出金石，决不负尔。”这两个通告，对台湾方面很有影响力，“东宁小朝廷”不会无动于衷。
郑氏集团上层也很复杂。东宁府内有三股主要政治势力：政治上控制郑克塽的冯锡范、控制军事实力的刘国轩、寄居于台湾的明王朝的残余势力，两岸能否议和取决于他们的态度。施琅特意宴请被俘的郑军将领，请他们出面做东宁城内三大政治势力的工作，为完成统一大业作出贡献。
为加强对郑氏集团的政治攻势，施琅并托被俘的刘国轩的好友陈公飞带上亲笔所书的《约法三章》赴台湾。承诺：一、台湾黎庶，系我骨肉。施琅到达台湾，当以父母兄妹待之；二、台湾将领，以前皆各为其主。施琅到达台湾，对其昔日恩怨，概不追究，凡有功于‘浦合珠还’者，皆以功赏嘉之；三、郑室子孙，皆“赐姓”后代。施琅到达台湾，决不伤害一人，彼等若肯议和，当按功劳大小，奏请皇上授官封爵。”《约法三章》集中了“抚”的精髓，只要不是存心分裂祖国者，台湾方面已无拒绝的理由。陈公飞等被俘的郑军将士深深为之感动。7月21日，同意回台做工作的降将和自愿回台湾的300余名官兵，乘船离开澎湖前往台湾，担当起劝说郑氏集团归顺清朝的任务。
“澎湖大败”惊动了东宁府，处于风雨飘摇中的“东宁小朝廷”正在讨论最后的决策。面临中央朝廷强大的军事压力，认识到“自立乾坤”和顽抗到底难逃覆灭下场，现今只剩下“议和”一条路。返回台湾的被俘将士的现实和劝说，也给郑氏小朝廷、文武百官、黎民百姓带来一线生机，为议和创造了合适的气氛。为此，郑氏集团内部基本达成一致。
郑氏集团决定降清。7月31日，郑克塽和刘国轩派出的“和谈使者、协理礼官”郑英平、“宾客司”林维荣到达澎湖娘妈宫请见施琅。和谈代表提出“三不伤”的请求，请求清军入岛“不伤郑室一人，不伤百官将士一人，不伤台湾黎庶一个；同意郑氏政权成员留居台湾，承祀祖先，照看物业。”施琅不无远见地说，“三不伤”可以做到，只是“留居台湾，承祀祖先”，恐怕有“自立乾坤”的阴魂，实难办到。
郑氏集团最难接受的“削发易服”，这是因为清军入关时，有“留发不留头，要头不要发”之说，同意“削发”表示臣服清廷的意思，因而“削发”成为清朝的主要统治形式。因此，削发易服也成为两岸以前四次七轮议和没有成功的主要原因。对于清朝坚持的“削发易服”，郑英平为缓解民间的对立情绪，提出“三降三不降”：官降吏不降，男降女不降，生降死不降。即军队官兵，可以削发易服，府县官吏本身没有制服，暂不易服；台湾所有男子立即削发易服，女子因为穿戴闽粤服式，故无需易服；生前可以削发易服，死时就穿爱穿的衣服。双方的立场基本接近，和解有希望。
只要东宁王朝归顺中央，作些非原则的让步是可以的。提督施琅一口应承，笑称武平侯刘国轩考虑周到，对于民心“顺之则平，逆之则奇”。双方只剩下“留居台湾”未达成协议。施琅派出使者二等侍卫吴奇爵陪同郑英平、林维荣前往台湾，与刘国轩面谈。
台湾方面很快采取具体行动，9月17日，刘国轩派遣冯锡范的弟弟、“兵官”冯锡圭，陈永华的儿子、“工官”陈梦炜，他的弟弟、“户官”刘国昌，来到澎湖娘妈宫，呈上签署的请求招抚的表章印册。郑克塽在议和表章中自愿称臣，表示以往对抗是“稚鲁无知”，兹特缮具表章，并延平王印一颗、册一副，武平侯刘国轩印一颗，忠诚伯冯锡范印一颗奉呈；在表章中，只是提出生在南方，请求允许继续居住在福建。郑克塽集团的条件并不过分，毕竟福建是郑氏三代人作战过的地方。
清朝政府代表前来台湾接收。1683年10月3日，施琅率领战船100艘、将士1万余人，到达鹿耳门外海，因为水道过浅无法进入。郑克塽、刘国轩、冯锡范在鹿耳门龙亭大礼迎接。巧合的是，就象当年郑成功水师鹿耳门那样，突然海潮骤起，水面腾空升丈余，威武雄壮的复国大军，浩浩荡荡开进台江江面。只见万众欢腾，同声高呼，共祝两岸统一的完成。
作为中央政府的代表，施琅一到台湾，立即公布《安民生事示》、《严禁犒师示》，严肃军纪，安抚民心，以报答台湾黎庶的盛情盛德。10月4日，施琅在郑克塽、刘国轩、冯锡范的陪同下，祭奠郑成功。施琅这位爱国英雄，放弃了私仇家恨，以民族大义、国家利益为重，肯定了郑成功收复台湾的历史功绩。郑成功、施琅两将军，虽说各自打击的对象不一，但都成了民族英雄，为捍卫祖国领土和主权的完整，作出了重大的贡献。
承天府里好不热闹，第二天，即康熙22年（1683年10月5日）8月15日，中秋节，庆祝统一台湾的仪式在东宁南坊孔庙广场进行，共庆祖国的统一。
消息传到北京，康熙大帝喜不胜收，诸位大臣欢欣鼓舞，朝廷内外共庆统一。康熙23年（1684年）元宵节，为庆祝统一台湾，康熙皇帝赐封功臣。在康亲王杰书宣读的诏书中，敕封福建水师提督施琅为靖海侯，延平王郑克塽为正黄旗海澄公，武平侯刘国轩为天津总兵、封爵伯，台湾忠诚伯冯锡范为正白旗伯爵，……事实说明，统一后完全能够保证郑氏集团的利益，更符合台湾民众和大陆人民的利益。
马上能杀敌、案前能作诗、能文又能武的康熙皇帝，情不自禁，笔走龙蛇，赋诗言志：
万里扶桑早挂弓，
水犀军指岛门空。
来庭岂为修文德，
柔远初非赎武功。
牙帐受降秋色外，
羽林奏捷月明中。
海隔久念苍生困，
耕凿从今九壤同。
康熙皇帝的诗，说出了他的喜悦。康熙大帝统一台湾的伟业终于完成，割据21年的台湾小朝廷终于结束。从台湾先是被荷兰人强占、后被郑氏集团割据、再被中央政府统一的过程来看，分离是暂时的，统一是长远的。
康熙皇帝没有忘记施琅将军的贡献，册封他为“靖海侯”，在台湾中南部拥有许多土地，是为“施侯租田”，台南县的“将军乡”就是因施琅将军而得名。他以自己成功实施康熙的“因剿寓抚”的统一台湾的战略，而成为中华民族的英雄。
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