统一台湾的行动开始了。1683年7月8日（康熙22年6月14日），施琅在铜山（东山）举行远征澎湖誓师大会。面对230艘战船、27000名将士，施琅跪拜天祀神：“今施琅奉旨出征，收抚澎台，求国家之一统，图江山之永固，泯两岸之恩仇，得骨肉之团聚。”收复台湾的行动，符合中华民族的利益，符合两岸人民的利益。
9日，清军到达八罩岛（望安岛）。在10至13日的拼杀中，双方都损失。富有指挥经验的刘国轩，在澎湖妈宫澳娘妈宫总统帅部命令各部“以弱示之”：各屿守军要表现出惊慌失措，澎湖湾外的战船要在“仓惶”中撤回港内，所有巡海哨船如遇清军迅速撤回，对企图进入澎湖湾的清军哨船（侦察船）立即赶走。刘国轩是为了诱敌深入，把施琅的战船引入郑军的火力圈，便于发挥岸上优势，消灭施部。
16日黎明，澎湖湾内战鼓震天，旌旗飘扬。施琅指挥220艘战船、2.6万名将士，分兵三路驶向澎湖湾。刘国轩严阵以待，分兵迎战。双方开战之初，只见一阵西北风刮来，顿时黑云翻滚，浪涛凶涌，顶风的施琅船队顿时乱了阵脚，将士无心恋战，郑军顺风顺水猛扑而来。这时，对清军水师十分不利。
海上气候变化无常。正在此时，令人意想不到的事情发生了。一阵雷声滚过，只见风向反转，大风大浪顿时卷入刘国轩的船队。站在指挥船上的刘国轩，只得哀叹命运的捉弄，成败在天了。
福建水师的主攻船队，分成8支小船队，由吴英、朱天贵、陈龙、陈昌、蓝理、曾成、林贤、杨嘉瑞的指挥下，与刘国轩的曾瑞、王顺、陈谅、吴潜、江胜、丘辉、陈公飞、吴逊等指挥的8支小船队对阵。只见征帆交错、战船相逐、硝烟弥漫。施琅、刘国轩见难分胜负，又派出各自的后备船队增援，俩人心中清楚，此仗决定胜负。
澎湖海面上的战斗越来越激烈。西线和东线战场，两军交战不久，均回到澎湖主战场，双方的400多艘战船，鏖战在妈宫澳海面。处于顶风逆水中的郑军水师，在清军的进攻下，力不能支。
5个时辰后，激战结束，清军全胜收兵，作战中阵亡329人，负伤1800余人。郑军水师全军覆没，刘国轩部下死伤1.2万人，被俘5000余人，击毁、被俘战船190余艘，郑军副总督曾瑞、王顺、江胜、丘辉、吴潜、陈谅、黄联、张显、陈起明等54人阵亡。主帅刘国轩在混乱中乘船从吼门逃向台湾，他输得一干二净。
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