陈水扁上台以来，为了控制台湾军队，使台军快速演变成其推行“台独”政治主张的工具，不断走出狠棋，可谓煞费苦心。主要的政治策略有三个：
第一个政治策略是大抓人事调整，刻意培植亲信。
陈水扁执政后，先是确定将官定期晋升由每年一次改为每年两次，这种改变既迎合了军官渴望升迁的心理，又加快了军队高层官员的流动，以便在快速流动中排除异己，安插亲信。他就职一个月，就先后分三次任命调用了70多名将官。这些任用官员中，既有高中的校友，又有儿时的伙伴。上台执政近三年，陈水扁已10多次进行了台军高层人事调整，大力培植忠于自己的亲信和将领。
本土籍的将领从上台时不到20%迅速扩大到目前的40%以上。尤以去年台湾所谓“国防部长”、参谋总长、陆海空三军总司令等军队高层人事调整引人注目。台湾媒体称这次军队高层的人事调整，是陈水扁打造“陈家军”迈出的关键一步，因此，具有两个明显的指标意义：
其一，这是台军50多年来高层人事调整幅度最大的一次，体现陈水扁利用人事洗牌，收揽军权，控制要害部门的用心；
其二，这次高层人事异动是陈水扁对军事、情报、治安三大系统同时进行脱胎换骨的“本土化”改造。由于台湾实施所谓“国防二法”，所谓“国防部长”开始真正掌握军权，将“军政”、“军令”大权集于一身，以往掌握军权的参谋总长只是其“幕僚长”，而本省籍的汤曜明出任该职位，再加上所谓“国安局长”蔡朝明、所谓“法务部”调查局长叶盛茂和宪兵司令邱宗男也是本省人，这就使攸关陈水扁能否牢牢控制“国家机器”的军、情、治三大系统，基本完成了“人事本土化”的布局。
陈水扁在军中玩弄的第二个政治策略是灌输台独理念，进行思想渗透。
长期以来，台湾军队一直是在国民党控制之下，国民党政工系统遍布军内。陈水扁也深知对军队思想控制的重要性，巧妙“借鉴”政战工作为己所用，以消除国民党的影响，灌输民进党的理念。
他执政后，不满足于出入军营，校阅三军，而是想方设法地对台湾军队进行思想渗透。先是将其编写的宣传个人奋斗经历的传记《台湾之子》下发到台军基层部队，试图在台湾军队的青年官兵中树立起个人形象，为其号令台湾三军奠定基础。接着又急不可待地抛出了所谓“决战境外”的战略构想，对台军原有的战略构想进行重新规范。
随后，又出笼新版的所谓“国防报告书”，公然抛弃过去一直强调的“追求中国之和平统一”的目标，提出处理未来“一个中国”的问题。陈水扁执政一周年之时，台军方还特别编印了所谓“陈总统对国军讲话”文集下发部队，并称之为“国防官兵捍卫疆土志业上可相互惕历的读本”，要求官兵认真学习。
为了在军中落实“去中国化”，陈水扁公然在军中取消了追求统一的宣传教育，取消了军中严肃场合呼喊“统一中国”的口号。台军方还两次发文，明确要求台军拆除营区内外有关宣传国家统一、复兴中华文化以及反对“台独”的标语，不断强化对大陆的敌对意识。陈水扁过去常指责军警加入政党，有违中立，担任民进党主席后却公开拉拢高阶军、警官员入党，企图通过思想和组织双管齐下的渗透，达到彻底改变台湾军队的性质和趋向之目的。
陈水扁在军中玩弄的第三个政治策略是利用扫黑之手，整肃军方高层。
台湾政商各界黑幕重重，黑金遍地，就连自我标榜清政廉洁的民进党县市官员们的弊案也被屡屡曝光。然而，陈水扁却有意避开这些，偏偏圈定了已冷却多年的尹清枫案作为扫黑的重点，并且发下狠话，一定要彻查到底，决不姑息。明眼人不难看出，尹清枫案是因台湾军方高层涉足军火交易而引发的命案，彻查尹清枫案，对陈水扁来说可以一石三鸟。
一则可通过清查此案，在台湾民众中树立清政廉明的形象；
二则因民进党在台湾军队高层没有历史包袱，彻查尹清枫案可进一步败坏国民党形象，而不会更多地牵扯到民进党；
三则可达到彻底整肃台湾军方高层的目的，所涉及的台湾军方高层和对手会因此落马，以震慑陈水扁的政敌。
尽管陈水扁不择手段玩弄政治策略，也在一定程度上达到了掌控军队的目的，但有一点可以肯定，由于台湾军队过去长期反“台独”的原则，以及“超个人、地域、党派立场”等错综复杂的关系，加上立法机构的干预，特别是绝大多数中国人包括台湾军人反对分裂，希望统一的心愿，陈水扁要随心所欲利用台湾军队来实现其“台独”梦想恐怕是永远办不到的。(小鹏)
