台湾军队面临被“绿化”和“独化”的危险
民进党上台执政后，陈水扁为彻底将台军打造成“台独”势力“以武拒统”的有力武器，以“改革”的名义，在为“国家生存发展及百姓安全福祉而战”的旗号下，彻底切断军队与国民党的联系，否定台湾驻军是中国军队的定位，通过种种手段对台军进行“绿化”和“独化”，台湾军队有沦为“台独”工具的现实危险。
1．频频出入军营，屡屡突出自己，加强其“三军统帅”地位
陈水扁就职以来，先后视察了陆海空三军“总司令部”、陆海空军军官学校等军事机构，并亲自主持了“汉光16”“汉光17”三军联合军事演习。为从思想上保证台军接受陈水扁的领导，陈水扁强化了对台军的“拥扁”教育。在军队的“统独”立场问题上，陈频繁向部队官兵灌输“统一不是唯一选项”“两岸无九二共识”等分裂思想，攻击“中共依然是威胁台湾安全的敌人”，强化军队官兵的“反共意识”和“忧患意识”。
2．全面更改台军具有中国色彩的各种名称，推进台军的“去中国化”进程
台军各军事单位的总机以往都以大陆地名为代号，如“国防部”总机为“江苏一号”“上海总机”。2005年元旦，“国防部”正式宣布，将所属军中使用大陆地名的总机代号全部废除，代之以域代码。此外，台湾军舰的命名原来是按照世界各国的命名规则取名，即用该国的省（州）、河、山及伟人为其军舰命名。台“立法院”于2005年1月6日协商通过“台联”党团提案，决意未来军（潜）舰名称要以台湾人、地名命名。台海军为避免不必要的麻烦，对新从美国采购的基德舰命名不再以中国大陆地名或中国历史伟人为命名标准，而是使用台湾相关人名、地名命名，因此4艘基德舰将依序命名为基隆舰、苏澳舰、左营舰与马公舰。
2005年以来，台“国防部”加紧落实一连串新举措，要将台军彻底“去中国化”。如，全部终结“国军”部队大陆时期的有关传承，废除了沿用近百年的“国军”名称，更名为“国防军”；陆军彻底从“国军”改为“台军”；空军取消原大陆时期的飞行大队；台军军衔“去中国化”，改走美军路线。
3．频繁调整高层人事，进一步加强对军队的掌控
陈水扁为加强其对军队的掌控力度，大力提拔台籍将领。陈水扁还一改军方高层人事每年调整一次的惯例，每年调整两次。为加紧对军队的思想控制，2005年4月，台“国防部”召开大规模“政战工作检讨会”，对政战系统开刀。台军“总政战部”屡屡遭到裁编，同时把台军政战体系最有权力的监察系统并入其他系统，以此消除国民党长期对军队的影响。
4．改变职能教育，为打造“护独”台军制造舆论
2001年2月，台湾军队中“政战教育”取消了长期以来坚持的反“台独”教育。此外，台湾当局还将“国史馆”新编的《台湾奋斗史》加进了军队内部电视教学教程内，将这段历史列为各军事院校的必修课程，目的是要让台军官兵能认识到所谓“为台湾而战”“为主权而战”的重要性。
2004年9月1日，台湾“国防部”正式宣布，依据台“立法院”“第五届第四会期审查九十三年度国防预算所提决议事项”，台军即日起取消庆典、仪式及各部队、学校、单位早晚点名“呼口号”及宣读“中华民国陆海空军军人读训”的程序。这标志着今后台军在公开集会或早晚点名时，将不再听到在台军中喊了几十年的有关完成“统一大业”的口号声。
