台湾嘉南平原因为早期农业开发，因此埤塘、湿地相当普遍，成了水雉最喜欢栖息的场所。目前因为栖息地的破坏加上捕猎关系，水雉数量已经减少许多，不过在官田、柳营、下营和六甲一带的埤池、菱角田以及稻田仍有水雉踪迹。
在台南官田有一处专为保育水雉的生态教育园区，目前规划为生态教育和观光游憩功能，结合多样水生植物以及水鸟生态，提供民众观赏水雉亲近大自然的机会。根据园区官方数据显示，截至2010年8月，园区内统计有44只成鸟和99只雏鸟。
