吴长庆带着军队去驻扎海防，袁世凯就成了驻朝鲜的这1500人的首领。袁世凯于是大力施展手段，对内结好于李鸿章，以求达到升迁的目的；对外则唆使朝鲜人分党，使事大党和独立党两派划分界限，互相倾轧。独立派的首领是金玉均、朴永孝等人，事大派的首领是闵泳翊（ 按：闵氏的侄儿 ）。袁世凯和闵泳翊订立了很多秘密的交易，闵泳翊便给袁世凯通风报信，凡是韩王的一举一动，无一遗漏。而朝鲜朝野才智杰出之人，均因受到清政府的压制而愤恨不已，朝鲜的人民也是备受清兵的凌辱，只有昏聩的韩王，依然犹豫不决。总之，朝鲜除去闵氏家族外，没有不愿意脱离清朝而独立的。清朝和法国的战争爆发后，法国的海军攻占了福州、台湾，清朝的形势岌岌可危，朝鲜想脱离清朝控制的趋势也愈加明显。袁世凯虽然通过施展诡计和阴谋，也只能刺探到韩王的秘密，哪里能阻止朝鲜人民的意愿呢？袁世凯眼看事情将要败露，于是密报李鸿章，现将其禀告的内容附录于下：

　　朝鲜君臣为日人播弄，执迷不悟。每向王前煽动，王亦深被其惑，欲离中国而独立。探其本原，由法人衅起，料中国兵力难分，不惟不能加兵朝鲜，更不能起衅俄人，欲乘此时机，接引强邻，称雄自主，不受制中国，亦不俯首他邦。此等意见，举国之有权势者，半皆如是，独闵泳翊等，意见稍歧。似此情形，窃虑三数月后，形迹必彰。朝鲜屏藩中国，实为门户关键，他族逼处，殊堪殷忧。该国王日事嬉游，不亲朝政，复见异思迁，朝令夕改，近来受人愚弄，似已深信不移。如不设法杜其鹜外之心，后患实非浅显。卑职谬膺重任，日思维系，不避艰险，竭力图维，初犹譬喻可悟。自中法兵端开后，人心渐歧，举动渐异，虽百计诱导，似格格难入。卑职日夕焦思，寝兴俱废，大局所关，不敢壅于宪听。近闻台、福两处告警，讹言四起，恐韩人不久必有鬼蜮之谋，益难设想；外署虽与日本不睦，而王之左右咸用其谋，不知伊于胡底也。

　　李鸿章得到袁世凯的禀报后，即刻转告清政府。明治十七年，也就是光绪十年（ 1884 ）的冬天，朝鲜京城开设了邮便局，准备借此机会大摆筵席进行庆祝。独立派的首领金玉均、朴永孝等，与自己的同党预定，准备趁机发动起义，并私下告知了日本的竹添公使。这天祝贺宴会刚刚开始，金玉均和朴永孝的党羽就聚众起义，杀死了事大派的首领，六大臣也同时被杀，朝鲜的京城一片大乱。韩王害怕起义波及自己，便向我日本国的竹添公使寻求庇护。日本公使应韩王的请求，率领保护使馆的两个中队入王宫进行守卫。袁世凯听到这个消息后，马上率兵袭击王宫，因为日本公使先到王宫，所以袁世凯给日本公使写了一封信。大意是说，他是应韩国民众的请求来保卫王宫的，约日本公使当面商量保护的方略。这封信刚送至王宫，日本公使还没来得及拆开信，袁世凯的军队就已经打响了第一枪。当时朝鲜的士兵守着宫门，日本的军队驻扎在王宫的内院，清兵入门时先是击毙了朝鲜士兵几十人，然后又与日军展开了交战。清军人数众多，敌众我寡，日本公使的处境非常危险。幸运的是朝鲜士兵曾携带一具轰雷入宫，日军知道清兵多是贪财之人，于是把计时器系在轰雷机上。袁军的士兵果然来抢这个东西，正好触动了机关，炸伤了多人，炸毁了数间房屋，袁军这才不敢继续前进。日本公使因此得以偷偷跑了出去。韩王被袁世凯押至清营，清军对朝鲜王宫大肆蹂躏，汉城大乱。在朝鲜居住的日本商人遇害者达到40多人。竹添公使逃到仁川，把情况报告给了政府，金玉均和朴永孝等人仅仅被免除一死。甲申之变，金玉均和朴永孝等人不过是为了铲除昏聩顽固误国的大臣，让朝鲜实现独立自强，一片忠心全是为国家谋生存。但袁世凯擅入王宫，大肆杀戮，难道不是制造了一场巨大的变乱吗？这就是袁世凯在朝鲜京城处理甲申变乱的大概情况。袁世凯做出如此暴行的原因是大有深意的。当袁世凯把韩王押至军营的时候，已经给李鸿章发了电报，他的用意实在令人可惊可畏，现将其报告给李鸿章的电文列举于下：

　　十八日晚，逆党金玉均、朴永孝等藉日本兵力戕杀大臣六人，汉城大乱，臣民纷纷来营禀报。据称日使竹添带兵入宫，国王吉凶莫测，乞求援救。卑职闻报，即派兵前往，并先致函日使，略云：应韩臣民之请，派兵保护王宫，劝其将兵队退出，以靖人心，勿受乱党之愚，激成大变，候其复答。

　　自辰至未，该使竟置不理，复饬营弁持名片往询，日兵竟开枪击毙我弁兵各一名。我兵甫入宫门，日兵即放排枪迎击，持战一时之久。幸我将士奋不顾身，拼命攻击，伤亡共十四人。日兵不支，由便门逃出，我军遂入宫搜拿余党，不料日人狠毒，预伏地雷，兵丁误触雷线，炸毙两人，毁殿屋九间。于宫侧庙内寻得韩王，惟乞救护，询问六大臣何罪被杀，推以不知，皆日使与金、朴诸人所为。王不敢居住宫内，乞为设法安置，遂议到营暂住。卑职一面派员访拿乱党，保护宫殿，弹压地方；一面严申军令，有敢擅动臣民一草一木者杀无赦。党首金玉均等闻已随日使逃窜，余党潜伏，人心惶惶。查此次变乱之原因，系竹添与金、朴等谋使韩王叛我以自立，因此六大臣平素皆恭顺于我，遂先杀之以决王意。

　　窃思数十年来，我国家糜饷劳师保全藩属，仁至义尽。该国王昏庸暗懦，暮楚朝秦，若不急早图之后患何堪设想。第思日本既能废琉球，我又何不可废朝鲜改为行省，许各国往来通商，各国必不与我为难。所与我争者日、俄耳。俄不过欲在太平洋得一不冻海口，可虚与饵之。我之海陆军尚可与日本抗衡，日苟与我起衅，尚左券可操。卑职居此日久，密迩东瀛，彼国虽褊小，上下一心，其图谋并吞高丽形迹已彰，若复数年羽毛丰满，则难图矣。且此次之变，日本擅自带兵入韩宫，戕杀大臣，其荒谬无礼亦公法所不容。时哉不可失，惟宪台裁之。

　　李鸿章收到袁世凯的电报后颇为高兴，于是和总理衙门秘密会商。当时清朝发电报周转过程比较多，电报在周转过程中内容被透露了出来，被日本在东京的新闻记者用重金购得，并在报纸上给予了揭露。日本于是召开临时内阁会议研究此事，为可能发生的一切做好了准备。清政府因此派吴大澂和续燕甫二人为钦差查办大臣，带着两艘战舰驶往朝鲜，想将朝鲜改为行省。不料，日本政府已派井上馨为全权大使，带兵1000余人直捣朝鲜京城，与朝鲜政府谈判，征收赔款。事情平息之后，吴、续二人才到达朝鲜，见日本已与朝鲜达成了协议，又打探到日本还有几千名士兵准备渡海到朝鲜，加之看到报纸上报导的都是袁世凯和李鸿章的来往书信，知道改行省的事情已经泄露。清政府于是秘密授意吴、续二人，让他们表面上假装查办变乱发生的原因，以此来结束这场战局。日本政府认为清政府改行省的举动虽然停止了，但是袁世凯长时间驻扎在朝鲜仍是一大隐患，于是，派伊藤博文为全权大使，西乡从道为副使赶赴清廷，希望清朝和日本两国都撤出驻军，并请清朝查办擅杀日本人民的士兵，以此来维持东亚和平的局面。

　　明治十八年，也就是光绪十一年（ 1885 ），日本的全权大使与李鸿章、吴大澂在天津会面并进行谈判。李鸿章和吴大澂认为日本的竹添公使不应带兵进入王宫，擅杀朝鲜大臣。日本两个全权大使说：“袁世凯不应先开枪，不应纵兵滥杀我国的商民。”李鸿章和吴大澂非常袒护袁世凯，日清双方互相辩论，谁也不屈服，谈判即将破裂。等到（ 按：四月 ）十八日，清朝忽然变换了计策，答应日本的要求，双方缔结了撤兵的条约。这就是所谓的《 天津条约 》。条约内注明日清双方撤出驻朝的军队，将来朝鲜若有重大事件，日清两国或一国若要派兵应先互相照会。条约缔结之后，从表面上看，日清两国关系已经融洽，但实际上并不是这样。因为清政府原是想用袁世凯的计谋来占领朝鲜，现在不仅不能遂愿，反倒受到了日本的牵制。而对于日本来说，清政府有谋取朝鲜的想法，加重了日本唇亡齿寒的忧虑，所以日本国的君臣上下，自此更加提防清朝。日清两国在交往上的种种抵触情绪，再加上朝鲜藩属的问题未能解决，两国以后的厌恶感也因此而产生。

　　总而言之，袁世凯当日的阴谋实在是令人可惊可畏！假使清政府和李鸿章能果断机敏，出师朝鲜，那么就会令日军措手不及。即使日军当时奋勇作战，以当时日本海陆军的力量，鹿死谁手还是个未知数。袁世凯确实是有彪悍的外交手腕！假使当时清政府胜利，日军失败，那么我们日本一定会全力恢复，意图东山再起，而清政府则会因战胜而骄傲自满，兵备日益松弛，清朝之后遭遇的失败，估计比甲午战争更为惨重。假设当时清政府失败，日本胜利，那么只不过是将甲午战争往前移了十一年而已，酣睡的清朝也可以早一点醒来。

　　《 天津条约 》签订后，日清两国的兵力在当年的七八月间陆续撤离，袁世凯也随军营回到了清朝。袁世凯在收拾行装准备撤离期间，和朝鲜的事大派，如金允植、金炳始等人都结为莫逆之交。以袁世凯的精明和狡猾，知道清朝当时的大局，若想在国内立功实为困难，所以想立功还是要到国外，所以虽然袁世凯回到了清朝，但是心还是留在了朝鲜。袁世凯回国后，一方面和李鸿章的亲信交好，让他们经常在李鸿章面前提及自己的聪明才智，另一方面将朝鲜的事情向李鸿章陈述，今摘录其中几条重要的资料于下：

　　一、韩王昏聩糊涂，最易受人煽惑，又复见异思迁，我国家不派明正大员驻彼监督，久必为日俄所愚，叛我独立。

　　二、韩之臣民多数皆主独立自主，欲脱我范围，今驻兵全撤，独立派之范围必日见膨胀。

　　三、我国家现派驻韩之陈树棠，其名为办理商务委员，东西各国皆有特派公使。以委员对于代表国家之公使，名分相去甚远，遇有外交进退皆难，且久为各国公使所鄙。虽上国对于属邦，不能同于各国简派驻使，亦当酌派位分稍尊之员，增其权限。且我国家在朝鲜应办之事，实不止于商务，今仅定名为商务委员，是自缩其权力，可否仿照元朝故事，派大臣监国。

　　四、大院君智谋才略实胜其子数倍，颇为其国人所尊敬，且深明大义。光绪八年不得已而掳归，兹宜晓以大义，赦其回归，使其父子同心协力，于其国计颇有裨益。

　　李鸿章颇为赏识袁世凯以上意见，加上李鸿章手下的亲信又经常说起袁世凯的才略，李鸿章于是将袁世凯的陈述加上自己的意见禀告给了清政府。清政府主政之人没有加以辨别，遂嘱咐李鸿章自行解决。李鸿章认为清政府既然不反对，于是就将袁两次在朝鲜的功绩、袁世凯的条陈以及大院君赦免回国对清朝有益等想法都上报了朝廷。朝廷赏赐袁世凯以知府用并加三品衔，所有关于赦免放回李昰应的一切事宜，让李鸿章与总理衙门妥善商议。李鸿章得到清廷的旨意后，与总理衙门会商，决定派遣袁世凯为护送员，赦免大院君回国并向袁世凯密授机宜。袁世凯告诉大院君：“你今天之所以能回国，都是因为我在李中堂面前力保，你可千万不要辜负了中堂的恩惠和我的心意啊。”袁世凯还要求大院君发誓，回国后，应让韩王永远臣服清朝，并给朝鲜施加了种种约束条件。