袁世凯接到圣旨后，就带领军队直接从小站出发到山东去任巡抚。大船日行千里，顺流而下。当时袁世凯告诉荣禄，说自己练兵有谋略，曾说自己有兵书一事。荣禄于是再给西太后禀报时，就极力夸奖袁世凯训练的精妙，兵法都是取自西洋，不是别人所能比的。关于袁世凯所写的兵书荣禄说得极其详细，颇为热闹，西太后听说后，十分欣喜，就下诏令袁世凯呈上所著的兵书。

　　其实，袁世凯对军队的训练不过是初具规模而已，他所写的训练军队的要则，从军事上的各种方略来讲，只不过是掌握了其中的大概而已。虽然当时清朝的军事尚处在萌芽时期，但是谈到改良，又谈何容易呢。即使只是知道军事方略的大概，清朝除了袁世凯之外也没有其他人了，假若袁世凯能从此认真研究下去，也是不可限量的。以最近的例子加以说明：我日本国的军学自明治十七八年间发明，到光绪甲午年间已将近十年，现在才收到了一定的成效。袁世凯训练新兵的要则写成于光绪二十五年（ 1899 ），迄今也将近十年了。假若当时清朝军队能够上下一心，力求进步，那么清朝就可以和世界各国并驾齐驱了。可惜的就是清朝人做事总是浅尝辄止，这并不仅仅表现在军事上。

　　像袁世凯这样没有什么学术的人，竟能著书立说，详细讲述练兵的方法，虽然兵书不是他亲手所写，但是他毕竟还是主动倡导者。考察清朝能够研究科学并能编辑成书发行问世的，在当时除了侯官严几道翻译过一些英文著述外，就只有袁世凯了。严几道是翻译书籍，袁世凯则是标新立异，虽然说袁世凯的著述不甚考究，但也是清朝军事改良进步的起点。袁世凯也可以称得上是清朝的著述家了。

　　清朝军队改用枪炮，发端于李鸿章的常胜军。但是能说出枪炮的源流、应用的利害，能说清枪炮的本源且见于书籍的，就只能是袁世凯的《 练兵要则 》了。从这个方面讲，袁世凯又是清朝的军学发明家了。

　　袁世凯接到诏书后就详细写了份奏折并将自己所著兵书呈上。先将其奏折摘录于下：

　　奏为遵旨进呈练兵图册，恭折仰祈圣鉴事。窃臣在德州途次，承准军机大臣字寄，某日奉上谕：著将该军平日训练情形，详悉陈奏；并将各种操法，绘图贴说，进呈备览。将此谕令知之。钦此。遵旨寄信前来等因。承准此仰见我皇太后皇上轸念时艰，精求武备，并蒙指授方略，训诲周详，跪诵之余，莫名钦佩。伏念臣一介书生，不谙军旅，愧乏兼人之众，并无殊众之材，前由督办军务处王大臣联名疏举，以臣知兵。钦奉谕旨，饬以仿照洋操，严加训练。受命以来，夙夜竞惕，深惧上负恩遇，下玷戎行，勉策驽庸，力图报称。

　　窃以为治兵之道，纪律为先，而技艺亦在所当重。纪律存乎训诫，技艺资乎练习。臣抵军之始，即与将士申明约束，务期痛除积习，恪守营规，将则训以忠勇廉洁之大闲，兵则训以恭顺勤奋之要义，使皆知奉法循理，以端其志而正其趋。至于技艺，则由浅入深，循序递进，始练以步伐身手各法，次练以布阵变化诸方，再练以行军驻扎攻守调度之道。此则步炮马工各队之所同也。若夫步队以起伏分合为主，炮队以攻坚挫锐为期，马队以出奇驰骤为能，工程队以尽地利备军资为事，则又在乎各致其精。臣训练三年，懔遵圣谕，实事求是，并承王大臣遇事指示，又赖诸将士黾勉从公，现在悉心体察，觉技艺日渐娴熟，尚不至相形而见绌。纪律咸知遵守，当可望相与以有成。惟是各国讲武已久，将弁之学术阅历，似较我为优。而中土民气最驯，士卒之奉公耐劳，亦非彼所及。但使就我之众，练我之兵，实按战阵之规，作平时操练之式，即以操练之法，备异日战阵之需，自然劲旅能成，缓急足恃。臣殚竭心力，与诸将士孜孜讲习者，要不外本战法以为操法，庶使兵皆归于实用，冀可仰副圣朝经武整军之至意。但臣学术囿于粗疏，智识限于浅陋，日夜经营，稍具规模，而区区报效之心，实不止此。谨将臣军平日训练各条，详晰汇辑，语不雅驯，惟期核实。并督选兵学素优之同知段祺瑞，直隶州知州冯国璋，守备王世珍等，将各项操法，绘图立说，计共造成清册十二本，阵图一本，图说清单一件，一并恭呈御览。所有遵旨进呈练兵图册缘由，理合恭折复奏。伏乞皇太后、皇上圣鉴。

　　袁世凯将自己所著的兵书呈给朝廷后，就将这本书命名为《 练兵要则 》，发行于世。

　　袁世凯任山东巡抚后所办的事情可分为寻常和重要两种来加以说明。所谓寻常事，如河工、吏治，一言以概之，就是剔除积弊，实事求是。这样的评价袁世凯完全担当得起。虽然说这些事情是人臣应尽的义务，记下来好像没有什么意义，况且这八个字总能在清朝的公牍上见到，但实行起来却很难，敷衍起来却容易，大都是有名无实，只不过是清朝官场的口头禅罢了。然而我这里之所以用这八个字来概括袁世凯所办的寻常之事，是因为袁世凯还能将这些寻常事付诸实践，不像那些清朝官场上的人，仅用这八个字的虚名来欺名盗世。

　　所谓重要事，是指袁世凯在对付义和拳和外交两方面成绩最为卓著。直到袁世凯后来做了直隶总督，让他鼎鼎大名和被外人所钦佩的，也是因为这两件事情。简单地说，拳匪不过是国民的愚蠢举动罢了。而所谓的外交，其实当时清政府已经允许德国在青岛和济南之间建设铁路，但是人民被拳匪所迷惑，对此事进行阻挠罢了。这两件事都是因为民众的思想闭塞，才会有这种无意识的举动。如果地方上承担教化民众职责的人，只要能解开他们的心结，开导他们，这些事情也都很容易了结。如果是在开化的国家，这都是些极其平常的事情，但是在清朝，督抚都是以投机钻营、粉饰太平为能事，唯独袁世凯能防微杜渐，未雨绸缪，所以说袁世凯是平凡人中的佼佼者。

　　义和拳本就是些无知的民众，只是被邪说所迷惑而已。当时的巡抚毓贤不但不禁止，反而对其大加提倡，进而放纵，最终致使义和拳风靡一时，蔓延到了山东全境。袁世凯派出数十营自己训练的军队驻扎在各州县，拳匪自然就望风而逃了。袁世凯从光绪己亥年（ 1899 ）的冬天到任，到了第二年的春天就上报朝廷说已经肃清拳匪。二月十四日，袁世凯就收到了清廷的谕旨：

　　上谕：贵州巡抚著邓华熙调补，毓贤著调补山西巡抚，山东巡抚著袁世凯补授。钦此。

　　官员和民众都阻止德国修胶济铁路，袁世凯针对两种人用了两种方法：对做官的人就开诚布公，告以利害；对民众则用武力相胁迫。但是有个人想借这件事惹出点事端，袁世凯就悬赏千金，擒拿并处置了为首的人，这件事情才得以平息。因此，德国人很感谢袁世凯。

　　义和拳和土匪被袁世凯清剿后，已不能在山东生存，只得流窜到直隶。直隶地方官也开始严加禁止。庚子年（ 1900 ）四月间，曾见到直隶总督裕禄出示的告示：“义和拳是邪教，大家都要清楚，儿子和弟弟若犯了，就拿父亲和兄长是问。”看这个告示似乎当时裕禄已知道了义和拳的始末。但是在此之后，董福祥大力帮助义和拳，端郡王对义和拳的法术深信不疑，刚毅（ 字子良，满族镶蓝旗人，清朝末年大臣，官至尚书 ）也随声附和，而清廷的执政者也多被义和拳迷惑，将义和拳奉为神拳，于是清朝兴起了排外主义。

　　追溯义和拳叛乱的原因是因为民教相仇。民教之所以相仇是因为地方官遇到民教的诉讼，不能秉公判断，颠倒是非，导致民怨沸腾。义和拳的兴起以“助清灭洋”为宗旨，通过篝火鱼书的方式，煽动迷惑民众纷纷揭竿而起，各地云集响应，发展势头异常迅猛。

　　端郡王之所以利用义和拳是因为皇位继承的问题。清同治帝驾崩后没有子嗣，按照清朝的规定应该立咸丰帝的弟弟醇亲王的儿子端郡王为帝，但是因为醇亲王的妃子是西太后的亲妹妹，所以西太后立了她妹妹的儿子载湉（ 即光绪帝 ）为帝。端郡王对此怀恨在心，虽然此时也立了端郡王的儿子溥儁为光绪帝的皇太子同时兼祧（ 在封建宗法制度下，一个男子同时继承两家宗祧的习俗 ）同治帝，但却没有让他摄政。恰逢此时端王取代庆王的位置，掌握了政府的大权，他就想利用义和拳和董福祥，扶植他自己的势力，如果举大事成功就可以夺回皇位。所以端王在西太后面前极力称赞董福祥是当今的黄天霸（ 事后美国报纸评论说，清朝把握朝廷大权的这些王公大臣，他们平日里的本领也就是豢养几个乐师、讲演几部小说而已。这些话虽然有些苛刻，但是拿它来形容端郡王和刚毅，也是很合适的 ）。义和拳的事迹详见于清朝的各种著述，这里不再赘述，仅选择当时朝廷的几则圣旨，和直隶总督裕禄力保义和拳的奏疏，来说明当时的形势，同时也可以证明袁世凯当时所处地位确实不容易。

　　谕旨一：

　　裕禄奏：洋人启衅，猝起兵端，连日接仗获胜一折，览奏实深喜慰。我华与各国和好有年，乃因民教相仇之故，竟至决裂，恃其坚甲利兵，攻我大沽口炮台。又由紫竹林分路出战，经裕禄四处分应，经我义民竭力相助，以血肉之躯，与枪炮相搏，二十一、二十二、二十三等日，击坏兵轮两艘，杀敌不少，众志成城，民心既固，民气亦扬。所有助战之义和团人民，不用国家一兵，不糜国家一饷，甚至髫龄童子亦复执干戈以卫社稷。此皆仰托祖宗之昭鉴，神圣之护持，使该团民万众一心，有此勇义。著先行传旨嘉奖，余俟事定后再行加恩。尔团民等惟当同心戮力，御侮效忠，始终勿懈，朕有厚望焉。

　　谕旨二：

　　现在中外已开战衅，直隶天津地方，义和团会同官军助战获胜，业经降旨嘉奖。此等义民，所在皆有，各督抚如能招集成团，藉御外侮，必能得力。如何办法，迅速复奏，沿海沿江各省尤宜急办。将此由六百里加紧通谕知之。

　　谕旨三：

　　现在中外开衅，业经谕令各督抚招集义和团民，藉御外侮。各省现有快枪快炮，仅能供防营之用，著各督抚将军，分饬各营旗，将旧存枪炮刀矛各种军械，赶紧修理，并添造子药酌带专件，以备民团领用，毋稍迟误。将此由六百里加紧谕令知之。

　　谕旨四：

　　前因兵勇改用洋操，以至服饰一切，均用洋式，贻误匪浅。当经谕令各省，一律仍归旧制，惟恐各省或因改练业已成军，惮于纷更，仍沿用洋装洋号，将来必致为害。著再申谕各路统兵大臣，务即悉数更换，统归中国旧日兵勇服饰，是为至要。

　　裕禄禀奏的力保义和拳头目的上疏：

　　再各属义和团民，先后来津，随同打仗。兹有静海县独流镇团总张德成，带同所部五千人，于本月初二日到津，谒见奴才。察看其人，年力正强，志趣向上，现饬择地驻扎，听候调遣，并酌给军火粮食，除候立有功绩，另行奏奖外，理合附片具奏。此次各团总，如静海之曹福田、韩以礼，文霸之王德成，均尚可用。合并陈明。

　　从以上几份圣谕中可以看出，一则说童子都能拿起兵器抵抗外来侵略，这是祖先的庇佑。一则说下令各督抚召集义和拳加入民团，一定能充分发挥他们的能力。我们可以看到裕禄先前出的禁止拳匪的告示和后来上奏的保义和拳的奏折，前后判若两人，出现这种情况的原因，只不过是因为裕禄恪守朝廷的谕旨罢了。然而以上种种谕旨对于清朝的大臣来说，真是太难实施了。况且当时袁世凯又处在义和拳兴起的地方，所以他面临的困难就更多了。虽然已经很难，但袁世凯的困境还不仅限于此。

　　北京天津的拳匪蜂拥而起，山东的义和拳也闻风响应。袁世凯所操练的各军队都驻扎在各州县，就义和拳进行防范，忽然收到朝廷的谕旨：

　　袁世凯著率领所部，迅速来京勤王。……此旨著裕禄转传，毋稍迟误。将此由六百里加紧谕令知之。

　　袁世凯的军队自训练以来，学习的就是西洋人的方法，包括服饰、器械和一切号令都没有沿用清军的旧制。当时山东人民见到袁世凯的军队，都叫他们“二毛子”（ 因为他们的军装短小和洋装相类似 ）。现在想让袁世凯将军队把这一切全部都改了，这岂是仓促间能办成的？这只是袁世凯的第一个难处。

　　谕旨命令他北上勤王。如果不去就是明显违背诏书的命令，作为臣子却不去救助处于苦难之中的君主，这岂是君主专制的政体所能容忍的？如果仅是派去几千名士兵又哪里是八国联军的对手？况且袁世凯是义和拳的公敌，当时义和拳的气焰正盛，所以袁世凯绝对不会被他们所包容。袁世凯现在明明是在步许景澄和聂士成的后尘，与义和拳同归于尽，这是他的第二个难处。

　　所以说庚子年的五六月间是袁世凯生平最困难、最危险的时候。袁世凯虽然接到了圣谕，但是仍谎称没有接到军报，借故拖延。袁世凯手下的人替他担忧，一再向他陈述其中的利害关系，袁世凯却置若罔闻。当时京津一带哄传袁世凯是汉奸，想占据山东而自立，袁世凯也好像没听到一样。加上裕禄被义和拳所迷惑，捏造战绩，说大沽口被夺回靠的是义和拳与红灯照的神力，大家居然都信以为真。裕禄将这些战绩用电报发给袁世凯，并嘱咐他将此转告给东南各督抚。袁世凯接到这份军报，当即就把它烧了。此时，不仅顽固派不知道袁世凯的作为，就连袁世凯手下的人也不明白他这么做的用意。凡是从北京到山东避乱的官绅都劝袁世凯去勤王，袁世凯置之不理，只是毫不懈怠地在山东清剿拳匪。

　　到了六月中旬，各国联军齐聚，天津危在旦夕。裕禄迫不得已，专门派遣道员陈以培到山东请求袁世凯发兵。袁世凯对陈以培说：“裕禄不是觉得义和拳神通广大吗，怎么会到今天这种地步呢？既然是想让山东出兵，那为什么不请旨施行呢？更何况他应该先行通知我，也好让我提前准备一切。现在虽然朝廷下令禁止军队穿洋装，但我直到现在都还没有接到圣谕，所以我也不敢擅自改变军队的装束。我所练的新军都还穿着洋装，怎么能北上呢？”陈以培知道袁世凯在有意敷衍，不得已只能效仿申包胥哭秦廷的故事。袁世凯说：“您不要这样，我现在手里只有夏辛酉的第十营，就派他们北上支援吧。”当时云贵、四川的勤王之师都已北上，有的一战就失败了，有的没有开始战斗就溃败了。山东和京津关系最为密切，怎么会有没接到朝廷谕旨的道理呢？

　　陈以培离开以后，袁世凯私下里嘱咐夏辛酉缓慢前进，切勿直捣天津。夏辛酉行至中途时，京津沦陷，两宫太后出逃至山西，袁世凯就飞书令夏辛酉迅速率领部队到山西护驾。

　　京津沦陷后，八国联军驻扎在北京，两宫太后逃奔到了太原，李鸿章被任命为直隶总督兼任议和全权大臣。袁世凯知道两宫所在之地后，就派人带着银子二十万两，数种特产到两宫太后那里去叩请圣安。当时北方几个省份都受到义和拳的蹂躏，糜烂不堪，只有山东是一片净土。清廷能与东南各省互通消息也全依赖山东的传递。

　　袁世凯得到议和的旨意后，就命提督姜桂题率兵北上，剿灭义和拳的余孽。于是，清朝朝野上下都认为袁世凯是个能人。

　　清光绪二十五年（ 1899 ）五月，袁世凯的生母在山东巡抚的任所内去世。袁世凯就上疏恳请朝廷另派他人来代替自己，自己要回老家为母守孝三年。朝廷回复的谕旨如下：

　　袁世凯电奏，恳请回籍营葬，情词哀切，具见孝思。惟山东地方，关系全局，该抚势难一日暂离，务当勉抑哀思，用资坐镇。一俟大局定后，再行赏假回籍营葬。该抚之母，教有义方，朝廷甚为褒许。该抚更当感激奋发，移孝作忠，共济时艰，以副倚任。钦此。

　　袁世凯接到朝廷的电报后，又上疏重新请求，朝廷又回复说：

　　袁世凯现丁降服忧，理应守制，惟山东地方伏莽尚多，交涉尤关紧要。袁世凯抚东以来，办理一切，均臻妥协，正赖该抚统筹全局以济时艰。袁世凯著赏假百日，即在抚署穿孝，假满后改为署理，照常办事，用副委任。山东巡抚著胡廷干暂行护理，遇有要事，仍著商同袁世凯妥为筹办。钦此。

　　这年秋天九月，清朝直隶总督李鸿章在北京去世。此时，八国和议刚刚签订，只有俄国在东三省的退兵问题还没有解决。俄国和清朝另外进行商议的事也刚刚开始。李鸿章在最后的奏折中力保袁世凯，说袁世凯有才能可以代替自己的位置。九月二十七日，朝廷从山西行宫发出谕旨：

　　直隶总督兼充北洋大臣，著袁世凯署理。未到任以前，著周馥暂行护理。钦此。

　　袁世凯接到圣旨后，仍以母丧在身，上书请求朝廷收回成命。朝廷下旨不同意袁世凯的提议，督促他尽快去赴任。自李鸿章去世后，一群顽固的大臣认为两宫如果回京，恐会遭遇不测。先前清朝向各国求和时，派李鸿章为议和全权大臣。李鸿章从广东抵达上海，会见某国全权大臣，该国大臣对李鸿章说：“清朝的皇位属于满洲人，而满洲人都是些毫无学识之人，多次酿造了野蛮的灾祸。现在有人倡议废除满洲人的世系，让你取而代之，你意下如何？”李鸿章用双手捂着耳朵，表示没有听到这些话。其后各国全权大臣在北京开会，某国的使臣又提起了这个问题。某国的全权大臣之所以再次首先提出这个问题来刁难李鸿章，是因为某国想献媚于满人，以占领东三省。这本是个子虚乌有的事情，但是东洋的各大报纸都纷纷进行了转载，并早早地传到了西太后的耳朵中。于是清廷上下议论纷纷，西太后行动举止都很彷徨，凡事都取决于袁世凯和岑春煊。