离开学园后，亚里士多德先是接受了先前的学友赫米阿斯的邀请访问小亚细亚。赫米阿斯是小亚细亚沿岸的密细亚的统治者，亚里士多德离开学园后的第一站就是小亚细亚，在那里他娶了赫米阿斯的侄女为妻。但好景不长，不到一年，赫米阿斯在一次暴动中被杀害，亚里士多德不得不离开小亚细亚，和家人一起到了米提利尼。

　　公元前343年，亚里士多德由于声名显赫，被马其顿国王腓力二世召唤回故乡，成为当时年仅13岁的亚历山大的老师。

　　在亚里士多德的影响下，亚历山大对科学十分关心，对知识十分尊重，但成为伟大的哲学家不是他的志向，他的使命是成为帝王。

　　公元前338年，马其顿国王腓力二世打败了雅典，正当他雄心勃勃要统一整个世界时，却于公元前336年被刺客刺杀。年仅20岁的亚历山大继位为王。从此这个亚里士多德精心培养的学生告别了书斋，告别了哲学，开始了马背生活，他要去征服世界。

　　公元前334年，亚历山大率领马其顿军和希腊各邦的联军出征波斯。古老的波斯帝国在年轻的亚历山大的铁骑下开始颤抖，这个拥兵10万的帝国，不到10年的时间就被征服了。一个空前庞大的亚历山大帝国——其领土西起希腊，东到印度河，南到埃及，北抵中亚——建立起来了。

　　时局的动荡并没有影响亚里士多德对学术的研究，此时他返回了雅典。在这段时间里，虽然雅典被马其顿在军事和政治上控制了，但是反对势力仍然存在。亚里士多德来到雅典，可能还肩负着说服雅典人服从马其顿的政治使命，所以，许多人对他显出敌意。不过，他得到了亚历山大国王的支持，不断地得到马其顿各级官僚的大量金钱、物资和土地资助。

　　亚里士多德在雅典创办了自己的学校——吕克昂学园，占有阿波罗吕克昂神庙附近广大的运动场和园林地区。在学园里，有当时第一流的图书馆和动植物园，学园里开展生物学的研究，时常解剖各种动物，亚历山大就通令全国，凡是猎手和渔夫抓到稀奇古怪的动物，都要送到亚里士多德那里。

　　亚里士多德提出自己的教育理念，主张对青年学生必须进行“智育、德育、体育”三方面的教育，并且提出了划分年级的学制。对于7岁到14岁的儿童，国家应该为他们办小学，让他们学习体操、语文、算术、图画和唱歌；对于14岁到21岁的青少年，国家应该为他们办中学，教他们历史、数学和哲学。体育是为了培养强健的体魄，德育是为了培养自尊心和勇敢豪放的性格。在青年们中学毕业之后，还要对其中的优秀分子继续培养。他的这些主张都得到了亚历山大国王的支持。

　　亚里士多德讲课时有一个习惯，即边讲课，边漫步于走廊和花园。正是因为如此，学园的哲学被称为“逍遥的哲学”或者“漫步的哲学”。这个学派，也因此得名“逍遥学派”，这里的学术氛围也被后人传为佳话。

　　亚里士多德在教课之余，笔耕不辍，写了大量的著作：《工具篇》、《逻辑学》、《物理学》、《政治学》、《修辞学》、《形而上学》、《诗学》，等等。值得一提的是，他的认识是有系统的，分门别类的，从基本知识出发加以分析推论或归纳，从而形成一个体系。希腊人之前的文化都是用超自然的力量来解释自然界的种种神秘变化的，到处都是神的作用。到了亚里士多德这里，他用宽广的胸怀和勇气把科学组织成一个有条不紊的庞大机体。他是形式逻辑的创始人。 

　　公元前323年，亚历山大国王病故。消息传到雅典时，马其顿沸腾了，反叛的狂潮袭来，雅典人开始攻击亚里士多德，并判他“不敬神罪”。他将面临着一场严酷的审判，风烛残年的亚里士多德明智地选择离开雅典，选择自我流亡，他声称绝不给第二次扼杀哲学的犯罪机会。

　　第二年，即公元前322年，这位名垂后世的哲学家在凄凉的境遇中病逝了，终年63岁。这个凭着铁骑和武力建立起来的亚历山大帝国也开始四分五裂，成了几个独立的小王国。

　　亚里士多德集古代各种知识于一身，在他死后几百年中，没有一个人像他那样对知识有过系统考察和全面掌握。他的著作是古代的百科全书。恩格斯称他是“最博学的人”。