1961年，肯尼迪宣誓入主白宫，成为美国历史上最年轻的总统。肯尼迪在第二次世界大战中担任过美国海军鱼雷巡逻艇艇长，因此，这位年轻的总统对美国特种作战部队有着说不出来的感情。

　　1962年1月1日，肯尼迪总统下令建立海豹突击队一队，一个星期之后的1月8日，他又下令建立海豹突击队二队。这两支海豹突击队的任务是实施海军特种作战。

　　1962年年初，太平洋舰队总司令认为美国海军在越南地区的活动很可能会大大增加，便下令勘测南越沿岸的海滩。于是，“库克”号高速运输舰奉命对岘港、芽庄、金兰湾、头顿和归仁附近的海滩进行勘测。勘测工作于1962年1月4日开始，并于1月27日结束，期间没有出现任何事故。

　　1962年4月，海豹突击队第一支训练小队离开了美国，奔赴越南。由此，海豹突击队作为一支特种作战力量出现在美军作战行动中。

　　海豹突击队驻越南基地基本都在港口，随着战事的发展，内河码头也逐渐成为“海豹”们的后方基地

　　这一次海豹突击队的任务是对南越部分海岸部队进行侦察、破坏和游击战训练。同时，海豹突击队还被派往挪威、希腊、土耳其等北约国家，对那些国家的部队进行非常规作战训练。

　　1963年秋，海豹突击队卷入了东南亚以及世界其他地方的非常规战争。为了集中管理与控制海军特种作战部队，美国海军于1963年10月10日分别建立了太平洋舰队海军作战支援大队与大西洋舰队海军作战支援大队，海豹突击队、滩头伞兵部队以及鱼雷巡逻艇部队归这两支作战支援大队调遣。在之后的越南战争中，海豹突击队迅速壮大，并在这场战争中大显身手。

　　1966年，海豹突击队的“高尔夫”分遣队抵达越南，主要在西贡东南面的芹交特区作战。1967年，海豹突击队又派出了“阿尔法”分遣队到越南参战，这支分遣队主要在湄公河三角洲地区作战。在越南战场上，海豹突击队的主要任务是侦察、伏击以及偷袭，从另一方面来讲，这为越南人民带去了深重灾难。

　　1966年2月，海豹突击队向越南派出一支由3名军官与15名士兵组成的“高尔夫”分遣队。这支队伍为赴越作战作了充分的准备，他们由美国驻越南海军部队指挥官指挥，作战区域主要在芹交特区。