张勋复辟失败后，段祺瑞掌握了北京政府的实权。由于国会已经不复存在，段祺瑞就在7月14日正式宣布对德宣战，中国加入协约国阵营参加第一次世界大战。以参战为契机，原本与日本关系密切的皖系军阀就开始和日本进行频繁的接触。

　　日本在袁世凯败亡以后也对对华政策进行了调整。大隈重信内阁的外相加藤高明在提出对华“二十一条”的时候，违背日本政坛的惯例，不将外交文书事先递送元老（前首相或元勋重臣，拥有确定首相人选并决定大政方针的特权）审查，也不和元老们就重大外交事项进行通气，引起了西园寺公望等元老的不满。特别是“二十一条”引起了中国强烈的不满，并引发反日风潮，元老们认为这是大隈内阁对华外交的失策，并对加藤高明的“独走”表示了“忧虑”。紧接着，大隈重信内阁因为增设师团的问题与议会发生冲突，最终采取贿选的方式解决，丑闻暴露以后被迫下台。继任的是曾任朝鲜总督的寺内正毅，出身陆军的寺内正毅转变了大隈内阁露骨的对华政策，改为“对华亲善”，打着这一旗号的寺内正毅通过他的朋友西原龟三来找段祺瑞，表示支持北京政府的“武力统一”政策。日本人的需求和段祺瑞一拍即合，双方就在1917年到1918年签订了一批贷款协议，通称“西原借款”。

　　西原借款总共有8次，总计1.45亿万日元之多。段祺瑞通过借款，把大批

　　的利权转让给了日本，如利用有线电信借款2000万日元，以东北的吉会铁路为抵押借款1000万日元，以黑龙江、吉林的金矿、森林为抵押借款3000万日元，以满蒙四铁路为抵押借款2000万日元，以山东二铁路为抵押借款2000万日元等等。这些借款其实大多进了皖系的私人腰包，用来扩军备战。同时，段祺瑞还以参战为名，在向日本借款的同时，还编练了三个师两个混成旅的“参战军”，购买大批的日本军火。按日本人的要求，段祺瑞军队的枪炮口径、子弹规格等都与日本军队“统一”。

　　随着这些借款，日本趁机向段祺瑞政府提出了攫取山东权益的要求，中国驻日公使章宗祥“欣然同意”。显然，这个答复为日本后来寻求保有山东权益提供了口实。

　　除此之外，段祺瑞政府还和日本签订了军事协议。在俄国十月革命以后，日本参与协约国对苏维埃俄国的军事干涉，出兵远东和西伯利亚。中国驻日公使章宗祥与日本外务大臣本野一郎于5月16日签订了《日华陆军共同防敌军事协定》。19日，又签订了《日华海军共同防敌军事协定》。借助这两个军事协定，日军经过中国东北进入俄国的远东和西伯利亚，并借此赖在中国东北不走。

　　段祺瑞政府的卖国行径引起了中国民众的强烈不满。《京报》的主编陈友仁发表一篇题为《出卖中国》的文章，公开抨击段祺瑞政府，被逮捕并被判决入狱4个月，报纸因此被查禁。

　　为进一步巩固统治，段祺瑞加强了对北京政府的控制。在段祺瑞复出组阁先期，一度沿用梁启超、汤化龙等“研究系”的人员。但段祺瑞渐渐发现，研究系的那群“老夫子”并不像想象中的那样听话，他们在对日关系、国内施政等许多方面与段祺瑞及其心腹徐树铮发生冲突。段祺瑞很快抛弃研究系，另选择一些政客组织忠实于皖系的“安福俱乐部”。

　　安福俱乐部以一开始的活动场所在北京安福胡同而得名，主要成员有王揖唐、王印川、刘恩格、黄云鹏、田应璜、解树强、江绍杰等人。最早这个俱乐部只是一个请宴狎妓的风月场所，但在1918年，徐树铮认为有必要成立一个皖系所控制的政党，于是于1918年3月7日，在安福胡同梁宅正式成立了一个“安福俱乐部”。这个俱乐部无政党之名，有政党之实，但说是政党，又没有任何党纲方针，一切都唯皖系马首是瞻，非国会议员不吸收入会。因此，这是一个皖系操控下的政客组织。安福俱乐部出现后的第一件“大功”就是控制了国会。在张勋复辟失败后，段祺瑞拒绝恢复国民党占多数的旧国会。1917年9月，北京政府以总统冯国璋的名义发布命令，组织了一个临时参议院，对《国会组织法》和《参众两院议员选举法》进行了修正，大大减少议员名额，并限制选举权和被选举权，1918年3月正式宣布根据新的选举法规进行国会选举。5月至6月，国会选举正式进行，安福系在财大气粗的皖系军阀的支持下，用贿选、利诱、舞弊、威胁等手段，在参众两院共计472席中获得了330余席，成为国会的第一大党。这一届国会因此被称为“安福国会”。

　　有了这样一个国会撑腰，段祺瑞更是一手遮天。直系的总统冯国璋在此期间与段祺瑞再度闹翻。冯国璋于1917年11月宣布解除段祺瑞总理职务。段祺瑞一方面勾结奉系张作霖对冯国璋施加军事压力，一方面利用国会拆冯国璋的台，在下野不到半年的情况下，冯国璋在1918年3月再度请回段祺瑞任总理。到1918年10月，冯国璋总统任期届满，皖直两派通过妥协，由“安福国会”选举了北洋大佬徐世昌为总统。副总统一职则因为各方博弈未果而一直空缺。徐世昌就职后，段祺瑞虽然不再担任总理，但仍然通过政府内安插的皖系亲信和“安福国会”控制着政局。

　　至此，北京的民国政府完全成为北洋军阀们手中的玩具。所谓的“民主共和”也成了一个笑柄。无论是国会还是政府中，军阀们用金钱说话，用刀枪交流，任何一项政策的出台，任何一个人物的起落背后都有各大派系的肮脏交易。政府和国会成为政客们上演一幕又一幕政治丑剧的舞台，戏码令人作呕，老百姓看得昏昏欲睡，厌烦不已。那么，究竟该怎么样来改变这个现状呢？孙中山为首的革命派再度给出了一个解决之道。