早在1988年，经国家外汇管理局批准,中国银行厦门分行、福州分行与马江支行开始开办新台币兑换人民币外汇券业务。2003年10月，国家外汇管理局和银监会批准，福州、厦门、漳州、泉州、莆田五地市的中国银行自2004年1月1日起实施试开办新台币现钞兑出业务，进行新台币与人民币的直接双向兑换。由于不对外挂牌、不公开宣传，兑换价格内部厘定、利率不浮动，此项试点业务远远不能满足两岸投资贸易的汇兑需求。

　　2005年10月3日，马祖正式开办人民币兑换业务，目前，台湾共核准本地6家金融机构从事新台币和人民币兑换业务，包括台湾银行金门、金城、马祖分行，土地银行金门、金城分行，以及金门县信用合作社等。目前，这6家金融机构还在金门的水头码头、“民航局”金门航空站及马祖的福澳港码头等设有临时兑换点。符合“小三通”出入境规定的金马居民、台湾人民与大陆游客，可以向经过许可的当地金融机构申请兑换人民币，每人每次兑换金额以2万元为限。

　　在两岸银行的通汇作业方面，台湾方面仅允许于银行OBU（OffshoreBankingUnit，境外金融中心）和大陆当地银行进行通汇。2006年12月海峡两岸直接通汇业务正式启动。台湾的第一银行、彰化银行、华南银行、世华银行等多家银行与工行、中行、建行、农行及上海浦东发展银行、深圳发展银行等建立通汇关系，由两岸银行的境外分行（OBU）直接开展通汇与信用状业务。但由于人民币和新台币的清算机制未建立，后端的汇款及清算作业仍须取道外商银行，借用美元清算。同时直接通汇方面仍存很大局限：已获批的DBU（登记注册于台湾地区公司）直接通汇的银行仅占台湾岛内银行的50％左右；当前两岸间的直接通汇限于贸易和非贸易项下，不包括直接投资、有价证券投资或未经许可事项为目的汇款，非商品与劳务汇款金额仍受相关限制。因此，两岸人士依然认为其“政策象征意义大于实际意义”。

　　由于通汇只能使用外币，新台币在台湾就必须先兑换成美元，汇到内地来之后再兑换成人民币，按每年两岸直接汇款金额100多亿美元（3000多亿元新台币）计算，以平均外汇市场牌价汇率差计算，台商因为人民币和台币不能自由兑换造成的损失就超过2亿元人民币，这还不包括两道兑换的手续费，导致人民币与新台币的兑换直接转向黑市。据调查，海峡两岸间存在“地下金融管道”，一般由台湾母公司将新台币汇到指定账户，然后在大陆台商所在地取得人民币，通过“一手交新台币，一手交人民币”的方式完成通汇。据台《工商时报》报道，上海地区经营人民币、美元与新台币之间汇兑的大型地下钱庄，至少有20个以上，其中规模最大的业者，每月交易额达20亿美。

　　可行的范例

　　香港人民币业务清算的成功实践，为大陆和台湾之间的货币清算提供了可资借鉴的模式。2003年12月，经中国人民银行批准，中银香港被选择为香港银行的人民币清算行，2004年2月25日，该行在香港推出人民币清算服务，为参与人民币业务的香港持牌银行提供存款、汇款和人民币银行卡的清算服务。2006年3月6日，配合香港人民币业务范围的扩大，中银香港又推出了香港人民币交收系统及人民币支票清算服务。中银香港自担任香港人民币业务的清算行以来，在中国人民银行和香港金融管理局的指导和监管下，得到香港人民币业务参加行的支持与合作，人民币清算业务的运作平稳顺畅。

　　在香港人民币清算安排中，中国人民银行授权中银香港与自愿接受清算条件和安排的香港持牌银行（以下简称参加行）签订人民币业务清算协议，按协议为参加行办理清算业务。在内地还存在金融外汇管制的情况下，建立统一的人民币资金流出入的渠道。中银香港在中国人民银行深圳市中心支行开列清算账户，并通过在中国外汇交易中心的席位进行平盘交易。现钞方面，清算行及各参与行均可保留一定的现钞备付，多余的人民币通过清算行存入就近的中国人民银行。

　　中国人民银行为香港银行办理个人人民币各项业务所设计的清算条件与安排各不相同。对于人民币兑换业务，清算行可作为中国外汇交易中心的会员，办理人民币与港币兑换业务的平盘。对于人民币银行卡业务，由清算行和中国银联办理人民币卡的清算事宜。允许两地银行或其附属机构发行的个人人民币卡在内地或香港用于消费性支付，或在自动取款机上提取现钞。允许内地银行接受经清算行汇入的香港居民个人人民币汇款，内地银行按有关规定办理汇款的解付手续。允许参加行为指定商户办理人民币兑换港币的业务通过清算行进入内地平盘。