9月1日  达赖访台严重冲击两岸关系，原定多项交流活动取消。

福建实行台湾居民入境预受理,方便台胞通关。

9月3日  广西颁布《关于支持台资企业发展的若干政策措施》。

9月4日  两岸证券投资论坛举行，业者称各具优势具互补空间。

两岸合出《康熙朝起居注册》，还原真实清史资料。

9月6日  首条大陆船公司开通的“厦门－台中”客滚直航航线正式开启。

第五届海峡旅游博览会开幕,两岸旅游界共商合作。

9月7日  台湾中华两岸旅游产业发展协会和福建师范大学在厦门签订《闽台旅游产学发展合作协议》，进一步推进两岸教育资源共享及两岸旅游人才培养。

首个两岸直航客船与搜救中心合作计划在厦门启动。

海峡两岸签署首份检验检疫合作备忘录。

以“海峡旅游，合作共赢”为主题的第五届海峡旅游博览会在厦门正式开馆。

9月9日  中国金融学会副会长、中国人民银行副行长苏宁率大陆金融代表团抵台参访。

大陆首家台商独资产险机构获保监会批准。

9月10日  中国红十字会总会代表团赴台湾灾区慰问。中国红十字会做出计划，拟安排1亿元人民币的社会捐款与台湾红十字组织合作，共同参与台湾灾后重建项目，帮助台湾受灾同胞早日恢复正常生活。

福建先行先试推进海峡两岸司法交流和协作互助。

9月11日  中国红十字会进入高雄县重灾区了解灾情慰问灾民。

9月12日  台计划放宽在港澳工作内地居民赴台游条件。

台湾少数民族团体向灾民发放大陆2000万专项捐款。

大陆公安机关破获两岸不法分子系列电信诈骗案。

9月14日  中国红十字会总会代表团一行结束在台行程返回大陆。中国红十字会总会常务副会长江亦曼离台前接受新华社记者采访时表示，这是大陆红十字组织首次深入台湾灾区考察灾情，中国红十字会总会将与台湾红十字组织一道，共同商定援建项目。

9月16日  大陆八家航空公司赴台投资案全获通过。

浙江出台29条意见帮助台资企业渡难关。

福建首次成批次大规模组织高校学生赴台学习。

9月17日  中华台北篮协决议开放球员赴大陆打球。

9月20日 国台办就高雄市决定播放热比娅影片一事发表谈话。

中国国务院台办主任王毅在南昌出席“二00九赣台(南昌)经贸研讨会”活动，会见了到会的中国国民党副主席蒋孝严、新党主席郁慕明等到会台湾嘉宾。

9月21日  “2009赣台经贸合作研讨会”签约资金逾14亿美元。

“辉煌六十年——中华人民共和国成立六十周年成就展”二十一日继续对公众开放。其中，专题展的第十一单元，用大量文献、图片和视频等多媒体技术，全面介绍两岸关系发展取得的历史性成就。

大陆少数民族交流团赴台展开赈灾义演。

9月22日 第14届海峡两岸影视文化交流与合作座谈会在台举行。

分别60年来首次团圆,北京故宫文物即将赴台“寻亲”。

9月23日  中国国民党主席吴伯雄2在台北会见了以国家民委副主任杨健强为总顾问的大陆少数民族大学生文化交流团一行。

台湾海基会董事长江丙坤表示，根据大陆统计，各界对台湾风灾的捐款，实际入帐和已同意捐款金额可能高达人民币9.6亿元(约新台币45亿元)，是大陆最大规模的援助行动。

厦金海底直达光缆建设已着手勘察设计。

9月25日  在台湾发生“莫拉克”风灾后，于8月下旬赴台实地组装并指导台方相关人员的10名大陆活动板房技术人员圆满完成工作，离台返乡。

9月26日  两岸乡亲厦门同祭孔，金门县长李炷烽等跨海参加。

9月27日  2009第二届两岸师生联合祭孔大典在新竹举行。

9月28日  台盟中央、全国台联在京举办建国60周年国庆招待会。

两岸依协议共同打击犯罪,首采直航模式遣返人犯。

大陆台生会就大陆学历采认提“四正一没有”。

240名参与国庆观礼台胞抵京组全国台联观礼团。